一要防范强化征管彰显公共服务不对称的风险。《方案》的终极目的依然是强化征管，任何旨在强化收入征管的措施背后，都需要各项公共物品与服务供给相应跟上。这不仅仅是指《方案》中提到的纳税服务质与量的提升，更重要的是方案之外的其他公共物品与服务的同步改善。随着各项强化征管措施，如纳税人分级分类管理、深化税务稽查、推行电子发票、税收信息系统建设、跨部门税收合作等等的逐一落实，如果公共物品与服务供给不能同步改进以满足社会需求，极有可能唤起纳税人对政府“收钱不办事”的遐想，甚至引起社会不满，决策部门应当考虑以更有效而公正的公共物品与服务供给，来应对和防范这一风险。
二要防范国税、地税合作中的可能风险。《方案》并未就国税、地税合作给出进一步的设计，因此，二者合作的内容与方式仍将以去年7月1日发布的《国家税务局地方税务局合作工作规范（1.0版）》（以下简称 “合作规范”）为蓝本执行。既是《合作规范》，自然要立足于如何合作，这本无可厚非。然而国税、地税自1994年分立以来，早已形成两套完全独立的征收管理体系，其工作思路、机构设置、人员组成、利益分配等方面的差异，使二者之间不仅需要寻求建立合作界面与接口，更需要强烈的合作动机与激励，惟此才能使合作免于流于形式，真正地在业务上便利纳税人。因此，下一步仍需加强调研，在总结各地落实《合作规范》经验的基础上，不断发现问题并使之完善，而对于某些通过合作解决不了的问题，则需探索其他的解决思路。
三要防范《方案》可能被教条化的风险。征管体制毕竟只是一国税制以及财政体制的组成部分，其改革不可单兵突进，应与税制和财政体制改革同策划、共协调，方可事半功倍。未来地方税制、乃至整个收入体系面临重建，中央与地方财政关系面临调整、国家行政体制改革仍在推进之中，上述诸因素均可给税收征管体制带来一定的不确定性。因此，《方案》本身应保持必要的开放性，接受实践的检验并在检验中完善；实务部门亦应避免将《方案》教条化，在落实和执行《方案》中要敢于发现和提出问题。
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