皇岗口岸到达与过关皇岗口岸南面的皇岗——落马洲大桥横跨深圳河连接深港两地。深圳旅客乘坐机场9线、326路、109路、335路338路等多路公交车可抵达该口岸，口岸附近有社会停车场，但车位比较紧张。旅客过关后可乘坐“皇巴”达到香港落马洲口岸，再乘巴士或铁轨列车到达香港市区各地。非高峰期（通常上午高峰期）旅客过关总时间基本上在15分钟内最多不超过25分钟。皇岗口岸有多条跨境交通线路，可以到达香港尖沙咀、旺角、湾仔、荃湾、锦上路、迪士尼乐园、国际机场等地。其中尖沙咀、旺角、湾仔、荃湾的线路是24小时运营的。皇岗口岸和香港落马洲边境管制站之间还有皇巴士运行。皇岗口岸24小时通关后，出入境旅客从日平均5万人次激增至11万人次，高峰日达17.2万多人次，目前日均出入境旅客约9万人次。口岸过境客运车辆达到每日1000—1100班，超班近1倍，出入境旅客、车辆已远远超过口岸原设计能力。为了减轻皇岗口岸压力，粤港口岸有关部门召开多次专门会议，同意在皇岗口岸采取长、短线相结合的直通巴服务，在香港与皇岗口岸之间开通5组6条线路的直巴短线，即由香港境内湾仔、油尖、观塘、荃湾、旺角及锦田至皇岗口岸，其中锦田线与旺角并为一组。并由现有93家客运公司通过自由组合成5家公司分别承，营运期为两年，除锦田线提供至少18小时服务外，其他各线均提供24小时服务。各线路指定的最低班次数是每条线60个班次、12—15辆车。繁忙时段15分钟一班，非繁忙时段或深夜为30至每小时一班。每条线路统一车身颜色、统一票价，以便统一管理。为便利旅客，皇岗口岸还设立了临时直通巴停靠站和售票点。临时停靠站设在皇岗口岸旅检楼南面穿梭巴士以东，预留6个车位给短线服务车辆停放，供旅客上车；售票点暂时设在旅检楼南面出境连廊东侧，利用现空置场地设立6个售票窗口。目前皇岗口岸联检大楼的出入境大厅分布在两栋大楼中，通过天桥连接，其中入境大楼（即老联检大楼，标有“皇岗口岸”四个大字）通过天桥与公交站台连接，出境大厅（即车港城一楼）需穿过入境大楼走过天桥到达。深圳市政府计划改造或重建皇岗口岸联检大楼，其中改造方案着重于改造现有老旅检大楼（即入境大厅），提升其整体环境；重建方案将拆除现有联检大楼（即入境大厅），新建一栋地上4层，地下两层的现代化旅检大楼。重建后新旅检大楼将同时包含出入境大厅，并与深圳地铁7号线（西丽线，预计2016年底开通）皇岗口岸站通过地下通道连接。因福田口岸（紧邻皇岗口岸，但两个口岸之间交通不便利）的边检和海关分别规属于皇岗边检站、皇岗海关管理，且两个口岸的香港一侧都称为落马洲，两个口岸过关时通行证签注页盖章皆为“皇岗边检”，故外地旅客很容易走错口岸。请注意区分两个口岸，目前仅福田口岸有地铁通达，为4号龙华线福田口岸站（港方为东铁线落马洲站）。皇岗口岸目前仅有公交通达（地铁预计2016年底开通，为7号西丽线皇岗口岸站，但香港一侧仍无地铁且尚无开通计划），过关也需要乘坐巴士（穿梭巴士到香港海关或直达巴士到香港市区）。
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