法律分析：以下情况，总监理工程师可以下达停工指令：
(1)施工作业活动存在重大隐患，可能造成质量事故或已经造成质量事故。
(2)承包单位未经许可擅自施工或拒绝项目监理机构管理。
(3)在出现下列情况下，总监理工程师有权行使质量控制权，下达停工令，及时进行质量控制。
1)施工中出现质量异常情况，经提出后，承包单位未采取有效措施，或措施不力未能扭转异常情况者。
2)隐蔽作业未经依法查验确认合格，而擅自封闭者。
3)已发生质量问题迟迟未按监理工程师要求进行处理，或者是已发生质量缺陷或问题，如不停工则质量缺陷或问题将继续发展的情况下。
4)未经监理工程师审查同意，而擅自变更设计或修改图纸进行施工者。
5)未经技术资质审查的人员或不合格人员进入现场施工。
6)使用的原材料、构配件不合格或未经检查确认者擅自采用未经审查认可的代用材料者。
7)擅自使用未经项目监理机构审查认可的分包单位进场施工。
总监理工程师在签发工程暂停令时，应根据停工原因的影响范围和影响程度，确定工程项目停工范围。
以下情况，总监理工程师课签发工程暂停令：
（1）建设单位要求暂停施工，且工程需要暂停施工；
（2）为了保证工程质量而需要进行停工处理；
（3）施工出现了安全隐患，总监理工程师认为有必要停工以消除隐患；
（4）发生了必须暂停停止施工的紧急事件；
（5）承包单位未经许可擅自施工，或拒绝接受监理机构管理。
法律依据：《中华人民共和国建筑法》 第十五条 建筑工程的发包单位与承包单位应当依法订立书面合同，明确双方的权利和义务。 发包单位和承包单位应当全面履行合同约定的义务。不按照合同约定履行义务的，依法承担违约责任。