法律分析：（一）查出的“小金库”资金，除应按规定调整账目、补交各税或全额上交财政外，还要处以相当于查出“小金库”资金数额1——2倍的罚款。
（二）查出的“小金库”问题，要按现行会计制度进行会计处理，一律不得抵减所得税应纳税额。
（三）“小金库”资金已用于职工奖励、补贴、津贴和发放实物的部分，应如数计入个人所得额，按规定征收个人所得税。
对私设“小金库”问题，在从严进行经济处罚的同时，要根据不同情节，对单位给予，并严肃追究单位主要领导、主管领导、直接责任人和经办人的党纪、政纪责任。
对私设“小金库”的有关责任人员，视金额和情节，给予党纪、。金额较小、情节较轻的，给予党内警告或；金额较大、情节较重的，给予或和行政记大过处分；金额巨大、情节严重的，给予或和行政开除公职处分。
对私设“小金库”的有关领导和直接责任人员，有下列情节之一的，从重或加重处分：
1．私设“小金库”造成偷税或截留应当上交国家的财政收入的；
2．用“小金库”资金请客、送礼、游山玩水、滥发奖金、实物、购买社会集团购买力专项控制商品等挥霍浪费行为的；
3．个人或少数人有侵占、私分、贪污行为或将“小金库”资金用于行贿等其它活动的；
4、屡查屡犯，干扰、拒绝、对抗检查、调查，有伪造、藏匿、销毁账目、凭证等行为的。
法律依据：《中华人民共和国刑法》
第二百七十一条 公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金;数额巨大的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金;数额特别巨大的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金。
国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。
第三百八十二条 国家工作人员利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有公共财物的，是贪污罪。
受国家机关、国有公司、企业、事业单位、人民团体委托管理、经营国有财产的人员，利用职务上的便利，侵吞、窃取、骗取或者以其他手段非法占有国有财物的，以贪污论。
与前两款所列人员勾结，伙同贪污的，以共犯论处。