在不同榜单中，南方医科大学的排名各不相同，具体排名（部分榜单）如下：
1、2023年软科版全国综合类院校排行榜中，南方医科大学全国排名第75位。
2、2023年校友会版全国医药类院校排行榜中，南方医科大学全国排名第107位。
3、2023年武书连版全国医药类院校排行榜中，南方医科大学全国排名第4位。
4、2023年USNews中国大学排行榜中，南方医科大学全国排名第92位。
专业设置：
南方医科大学有21个教学机构，开设本科招生专业29个，其中7个国家特色专业、16个广东省特色专业、6个广东省名牌专业、23个国家一流本科专业建设点。有10个博士学位授权一级学科、16个硕士学位授权一级学科、2个博士专业学位授权类别、14个硕士专业学位授权类别。
学科建设：
南方医科大学有5个国家重点及培育学科、6个国家中医药管理局重点学科、10个广东省重点学科；11个学科入围ESI全球前1%，临床医学入围ESI全球前1%，ESI总体排名位居全国第52。有10个博士后基金立项数，位居全国高校第12位，独立医科大学第1位。
以上数据出自南方医科大学官网、知乎。
排名依据：
1、历史背景和办学条件
南方医科大学的前身是中国人民解放军第一军医大学，创建于1951年，1979年被确定为全国重点大学，2004年8月整体移交广东省，更名为南方医科大学。由于历史原因，学校在转制后面临了一系列的困难和挑战，如人才流失、资金缺乏、校园建设滞后等。这些因素都影响了学校的发展和排名。
2、评价体系和指标权重
不同榜单有不同的评价标准和方法，如软科版全国医药类院校排行榜主要依据教育质量、科研水平、社会声誉等指标进行评价；校友会版全国综合类院校排行榜主要依据教师水平、科研质量、国际化水平等指标进行评价。这些指标和权重的不同会导致不同榜单对同一所高校的评价有所差异。
3、外部环境和竞争对手
南方医科大学所在地广州市是一个经济发达、人口密集、教育资源丰富的城市，有许多优秀的高校和医院，如中山大学、广州中医药大学、广州医科大学等。这些高校和医院在各自领域都有较强的实力和影响力，与南方医科大学形成了激烈的竞争。同时，其他省市的医学高校也发展非常迅猛。