《牡丹亭》故事讲述的是南安太守杜宝的女儿杜丽娘，才貌双全，跟着老师陈最良学习书画。有一天，她梦中见一书生手拿半枝垂柳前来求爱，两人在牡丹亭畔幽会。从此，杜丽娘一病不起。
杜丽娘在弥留之际，要求母亲把她葬在花园的梅树下，嘱咐丫环春香将自己的自画像藏在太湖石底。随后，杜丽娘的父亲升任淮阳安抚使，委托陈最良为杜丽娘修建了梅花庵观。
三年后，穷书生柳梦梅借宿梅花庵观，他在太湖石下捡到了杜丽娘的自画像。于是，杜丽娘魂游后园，和柳梦梅开始幽会。柳梦梅掘墓开棺，杜丽娘起死回生，两人结为夫妻，前往临安。
杜丽娘的老师陈最良看到杜丽娘的坟墓被发掘，就告发柳梦梅盗墓之罪，柳梦梅被杜宝囚禁。高考发榜后，柳梦梅由阶下囚一变而为状元，杜丽娘和柳梦梅二人终成眷属。
《牡丹亭》在思想和艺术方面都达到了当时创作的最高水准，杜丽娘与柳梦梅的爱情故事体现了青年男女对自由爱情生活的追求，显示了青年男女要求个性解放的思想倾向。剧本推出之时，演出盛况一举超过了另一部古代爱情戏剧《西厢记》。