中性突变指基因中
碱基的突变虽然导致多肽链中相应位置的
氨基酸发生变化，但该变化并不引起蛋白质功能的改变。
通俗地说，中性突变就是基因中的碱基确实发生了改变，但这种改变不影响生物的生存，无所谓好与坏的突变。
中性突变理论是上世纪60年代，由一个日本生物学家提出的。
该理论认为：生物在分子水平上的进化是基于基因不断产生“中性突变”的结果，它也是在群体中产生的，而不像综合进化理论所主张的突变有好有坏那样，是既无好处也无坏处。它并不受自然选择的作用，而是通过群体内个体的随机交配以及突变基因随同一些基因型固定下来或消失不见（即被淘汰掉）。
新种的形成主要不是由微小的长期有利变异积累而成，而是由那些无适应性的、无好坏利害之分的中性突变积累而成。即生物在分子水平的大多数突变是中性的或近似中性的，它们既没有好坏利害之别，又没有适应和不适应之分，因此自然选择对它们不起作用。
中性学说的出发点是中性突变，在中性突变过程中，哪一种变异能够保存下来，哪一种变异趋于消失，全靠机遇，而不是
达尔文的自然选择，这个过程叫做“
遗传漂变”。由于它完全不受自然选择的作用，实际上就否定了自然选择，甚至还认为生物进化与环境无关，故此理论是“非达尔文主义”的。
目前认为，中性突变理论有其合理之处，但也不像该理论说的那么绝对。中性突变确实在发生，但有时也会经受自然选择。例如，一种中性突变使某种生物由黑色变为灰色，这种突变对生存没有影响，属于中性突变。但这种突变在
热带地区就对生存更加有利（体色浅不易吸收
太阳辐射），可能带有这个突变的物种在热带就会大量繁殖。反之，在寒温带，较低的气温需要吸收较多的太阳辐射，则更利于不带有这种突变的黑色物种生存。这也是一种自然选择。