流水生态系统包括江、河、潭、泉、水渠等。流动水一般发源于山区，纵横交错的各级支流汇合成江河，最后多注入大海。随水的流速不同，还可分为急流和缓流。一般来说，水系的上游落差较大，水的流速大于50厘米／秒，河床多石砾，为急流。在急流中，初级生产者多为由藻类等构成的附着于石砾上的植物类群；初级消费者多为具有特殊附着器官的昆虫；次级消费者多为鱼类，一般体型较小。水系的下游河床比较宽阔，水的流速低于50厘米／秒，河床多为泥沙和淤泥构成，为缓流。在缓流中，初级生产者除藻类外，还有高等植物；消费者多为穴居昆虫幼虫和鱼类，它们的食物能源，除水生植物外，还有陆地输入的各种有机腐屑。