在游戏开始时，斯考尔和赛法在军事院校巴拉姆学院外的训练课上决斗，决斗中二人都给对方留下了伤疤。就在同时，加尔巴迪亚入侵多兰公国，多兰只得雇佣巴拉姆学院派精英佣兵部队援助。佣兵部队将此任务当作学员的最终考试；在教官奎特斯特的协助下，斯考尔完成了获取最终考试资格的任务。
斯考尔、赛法与赛尔分为一组，在任务中赛法违反命令并抛开了他的团队，负责传令的瑟尔菲不得不在任务期间陪同斯考尔与赛尔。任务结束后，SeeD阻止了加尔巴迪亚的先遣部队；斯考尔、赛尔和瑟尔菲毕业成为SeeD，而赛法因违反纪律未能毕业。在毕业舞会中，斯考尔遇到了和他个性看起来相反莉诺雅。
在赛尔和斯考尔接受命令，协助莉诺雅在被加尔巴迪亚占领的汀泊的反抗组织后，斯考尔得知加尔巴迪亚最近战争是因为背后一名叫伊迪亚的魔女。在巴拉姆和加尔巴迪亚学院的联合命令下，斯考尔和他的伙伴——包括新加入的莉诺雅、奎特斯特和亚威恩——试图暗杀伊迪亚。然而魔女挫败了这个计划，队伍被关入监狱。在计划中，斯考尔一行知道赛法离开学院成为伊迪亚的副手。
在团队逃脱后，伊迪亚发射导弹轰击了特拉比亚学院。因担心伊迪亚计划的下一个目标是巴拉姆学院，团队兵分两路。斯考尔一队返回巴拉姆发出通知警告，但他们要先阻止SeeD投资人诺古煽动的学院内斗。瑟尔菲一队前往导弹基地阻止发射然而没有成功。斯考尔不小心触发了巴拉姆学院的“移动堡垒”形态，让学院躲避了导弹；
然而因为不会控制学院，它撞上了渔人之地平线的码头。在当地技师修复学院时，加尔巴迪亚军队开始寻找一名叫艾隆妮的女孩，而她知道最近都在巴拉姆学院。艾隆妮最终逃到世界超级科技大国艾斯塔。斯考尔在见到艾隆妮时，知道了曾将他和伙伴“传送”到17年前的过去正是她，她徒劳的想要改变现状。
游戏通过考尔一行的“梦境”，分多次倒叙了拉格纳和他两个伙伴奇洛斯与沃德的故事——拉格纳从加尔巴迪亚士兵到一个乡村的保护者，再从魔女阿黛尔抵抗运动领导者到艾斯塔总统。斯考尔因当前事态产生了个人焦虑，如他被希德学院长任命为SeeD新长官，以及他对莉诺雅的感情逐渐增长。在调查毁坏的特拉比亚学院时，斯考尔与伙伴得知，他们（除莉诺雅）、赛法和艾隆妮都是一起在伊迪亚的孤儿院长大的；
他们在分开后，因为G.F.的使用而逐渐失去记忆。他们还得知，学院和SeeD正是希德和伊迪亚为打败堕落的魔女而建。在获悉这些之后，由斯考尔和赛法分别领导的巴拉姆学院和加尔巴迪亚学院在孤儿院上空展开了大战。在巴拉姆击败加尔巴迪亚后，玩家得知伊迪亚只不过是阿尔迪米西娅——来自未来，希望将时间压缩为单一时刻的强大魔女——不得已而使用的工具；
她正是为压缩时间寻找艾隆妮[。伊迪亚在和SeeD的决定性战役中败阵，阿尔迪米西娅只得将她的力量转移到莉诺雅身上；伊迪亚恢复了正常，但莉诺雅却陷入昏迷。斯考尔为了让他苏醒，背着她前往艾斯塔寻找艾隆妮，他确信她能帮助莉诺雅恢复。在莉诺雅被送往艾斯塔空间站后，阿尔迪米西娅操控她将魔女阿黛尔从轨道监狱中解放。
阿尔迪米西娅之后命令赛法启动月之潘多拉设备，如雨般的怪物夹带着阿黛尔的封印设备从月球落向星球。阿尔迪米西娅选择阿黛尔成为她的下一个宿主，并在外太空放弃了莉诺雅。斯考尔将她救出，并搭乘遗弃的星际飞船回到了星球。在着陆后，艾斯塔代表因恐惧莉诺雅的魔女能力而将其隔离，接着斯考尔救出了她。
总统拉格纳对此事表示歉意，并说明了Odine博士的计划——先让阿尔迪米西娅占据莉诺雅，艾隆妮将莉诺雅（也就包括把阿尔迪米西娅）送到过去后再送回现在，让阿尔迪米西娅成功发动时间压缩，斯考尔一行再籍此到达阿尔迪米西娅的时代。斯考尔一行为此进入了月之潘多拉，击败了赛法和阿黛尔，莉诺雅由此继承了阿黛尔的魔女之力。
紧接着时间压缩发动；斯考尔与伙伴穿越到了阿尔迪米西娅的时代并将其击败。在击败阿尔迪米西娅后，世界开始回归正常；但斯考尔却几乎在时间之流中迷失。他见证了游戏故事的开端——当垂死的阿尔迪米西娅回到过去，将她的力量传送给伊迪亚时，斯考尔也告知了伊迪亚她将创建的学院与SeeD的概念。
之后在莉诺雅的帮助下，斯考尔正确回想起了他的记忆并回到现在。结局动画描绘了斯考尔回到现在后的事件。已不属于学院的赛法和他伙伴风神与雷神重聚；拉格纳拜访了铃的墓（并回忆了他向她的求婚），同去的还有艾隆妮、沃德和奇洛斯；学院举办了庆祝会，斯考尔和莉诺雅在月光下接吻。（剧终）
扩展资料：
角色介绍——
1、斯考尔·莱昂哈特
沉默，有一点冷酷。隶属于佣兵培养机构巴拉姆学园，是故事的主角，他能将所有训练和任务都毫无困难的完成，是个优秀的SeeD候补生。使用难以操纵的枪刃，有着出类拔萃的战斗资质。
虽然被认为是最有资格的候补及格者，但是由于他那种若即若离的态度，以及不爱说话、冷漠、不善交际的性格，使他被当成学园问题学生之一。虽然他对别人漠不关心且排斥，但是在学园里却吸引了不少人的目光。额前的伤是与塞法在练习对战中留下的。
2、莉诺雅·哈蒂莉
故事的女主角，活泼爽朗，喜欢自由奔放，讨厌受到拘束的生活。对什么事都非常积极，由于她那天不怕地不怕的个性，使她很快融入“森林猫头鹰”组织，并且成为很有发言权的人物。
而她的纯朴率真的性格，使得别人一眼就可以看出她的态度。有任性的一面，爱和别人争一口气；但另一方面，她也十分重视同伴，也有着温柔的一面。在参加巴拉姆学园举办的舞会时，与斯考尔命运的相遇了。
3、奇丝迪丝·萃普
巴拉姆学园的现役SeeD，斯考尔的指导教官。10岁进入学园就读，15岁取得SeeD资格，是SeeD及格者中的最年轻者，破天荒的17岁取得了教师资格。由于德才兼备，冷静完美，甚至有狂热的崇拜者组成了萃普俱乐部，而且不分男女，很受学生欢迎。
或许是出于嫉妒，有的老师高声批评她的经验和指导能力不足。由于太过优秀，不习惯受到挫折，容易情绪低落，甚至说出懦弱的话。对斯考尔抱有好感，有时不免多管闲事。