国有企业发展存在的共性问题、瓶颈问题及深层次问题如下：
一、共性问题：
管理效率和机制问题。国有企业的规模庞大和层级复杂，导致管理效率不高，决策流程相对繁琐。同时，企业内部的激励机制不够完善，影响了员工的工作积极性和创新能力。另外，由于国有企业具有规模效应和社会功能，有时候会在市场化方面步伐稍慢，与民营企业在某些领域形成竞争压力时存在一定的不适应性。
二、瓶颈问题：
改革创新和转型压力。国有企业面临着转型升级的巨大压力，特别是在面临经济转型和产业升级的大背景下，传统业务的调整和新兴业务的拓展之间存在平衡难题。此外，国有企业在改革创新过程中可能面临体制机制的制约，如人事任命制度、资源配置方式等都需要进一步的改革和优化。尽管改革方向明确，但具体落实和实施仍存在一定困难。
三、深层次问题：
竞争活力和风险控制问题。国有企业在推进市场化改革过程中，需要解决的是如何提升市场竞争活力的问题。由于缺乏市场竞争的充分激励，企业可能存在经营风险上升的问题。同时，在国际化经营中，国有企业面临的风险控制问题尤为突出，如海外投资风险管理、国际法律合规等都需要进一步加强和完善。此外，国有企业的历史遗留问题，如资产剥离、债务处置等也是制约其持续健康发展的深层次问题之一。
综上所述，国有企业在发展过程中面临的共性问题主要集中在管理效率和机制上；瓶颈问题体现在改革创新和转型压力上；深层次问题则与市场竞争活力和风险控制密切相关。要解决这些问题需要深入推进改革和转型升级的步伐，确保企业适应市场发展要求并不断向前发展。