中国高校新媒体联盟设有秘书处，为联盟指导和决策部门；主席团，全权负责联盟各项日常事务。
现联盟秘书处常驻于中国高校（南京）新媒体联盟。 办公室
办公室主要负责联盟内部文案工作，如文件起草、资料汇集、档案整理、会议记录、财政收支等工作，具体职能如下：
1.召集各区域联盟主席团定期和临时会议、整理会议纪要；2.起草相关通知、文件；3.整理联盟的相关资料；4.对联盟财务进行管理并制作预算和决算；5.做好用于考核的各项资料整理，负责联盟定期考核；6.定期组织线上总结会；7.定期组织制作联盟宣传册和联盟会刊；8.联盟内部培训的组织工作；9.组建全国联盟以及各区域联盟主席团、部门成员个人档案。
联络部
联络部是联盟与理事单位、会员媒体之间联系的纽带，主要负责联盟会员档案建立、通联更新、会员联络等工作。具体职能如下：
1.联络各会员单位,完善渠道建设负责全国新媒体区域联盟的活跃；2.定期反馈来自会员单位的意见和建议，定期发布会员新媒体联盟参与度评估报告；3.建立会员单位资料档案；4.收集会员联盟信息，建立新媒体人才库；5.会员媒体形态多元化扩充。
采访部
采访部主要负责联盟的新闻业务，工作包括建立选题库、组织联动采访、组织新闻培训等。具体职能如下：
1.组织会员媒体单位每半月一次的网上联动讨论、做好选题讨论的整理稿，并逐步建立公共选题库；2.组织会员媒体单位每学期三次的联动采访；3.负责联盟户外采风暨新媒体联动采访，以采访部主要负责；4.做好其他有关新闻采写的工作；5.在会刊方面，采访部提供稿件支持。
技术部
技术部负责联盟技术支持、多媒体渠道建设等工作，工作包括：视觉设计、摄影摄像、技术培训等。具体职能如下：
1.提供联盟技术支持（如视觉设计、摄像、视频制作等）；2.组织会员媒体技术培训；3.建立联盟设计、视频团队；4.新媒体渠道的建立（网络后台、微信、微博、手机报的建立等）。
市场部
市场部负责联盟对外合作，工作包括联盟对外形象整体宣传、对外推广、寻求合作伙伴等。具体职能如下：
1.负责联盟形象包装与对外整体宣传；2.负责子活动的策划、打包宣传与推广，建立联盟组织特色活动；3.寻求企业合作，为新媒体联盟提供经济支持；4.通过与外界的沟通，参与相关活动；5.寻求联盟长期合作伙伴。
活动部
活动部负责联盟各项活动开展，工作包括组织联盟年会、年度评选、建设品牌活动等。具体职能如下：
1.组织每年一次的新媒体联盟总编培训、联盟年会论坛；2.组织网上评优活动，负责评选记录，通过官方网站固定页面展示，并颁发相应荣誉证书；3.策划、执行联盟若干品牌活动；4.与对外推广部合作打造对外项目或联盟之间的联合活动；5.承办、执行全国联盟的活动。
