真菌病害与细菌病害从病状上很难区分，它们都有坏死、腐烂、萎蔫、畸形等相似病状。只有从被害作物病部所表现的不同病征来加以区分。真菌病害在被害作物病部可以看到明显的霉状物、粉状物、粒状物等病征，病征实际是真菌子实体的形态结构，是区分真菌病害的重要标志；细菌病害在湿度大时可在病部出现大小不同的黄色或白色滴状菌脓，是细菌病害特有的病征，干燥后呈水珠状、不规则粒状或发亮的薄膜。由于受发病时期和条件的限制，如果病征不明显时，可继续观察田间病害发生情况，同时也可将病样采回实验室，用清水冲洗干净后保湿使病征充分表现，再进行鉴定。对于一些特殊症状的病害，如由细菌引起的青枯病，可进行解剖检查，观察病株组织是否有特殊的病状表现，如维管束变色情况等进行诊断。
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