对农家生态旅游区进行功能分区划分可以分为生态保育区、生态过渡区、农耕区、居民生活与旅游服务区四个部分。
（1）生态保育区。主要是对区域生态系统有着重要支撑与维持作用，对生物物种和遗传多样性有着重要维持作用的区块，如生态公益林、水源保护区、生态敏感区等。生态保育区的面积应足以构成有效的保护单元和缓冲单元。保护单元即为核心保护区，一般既是该旅游区当地物种的衍生源地，又是该旅游区体现生态旅游基调的背景区，因而在农家生态旅游的规划中一定要突出保护核心生态源地，保护或建立一定面积的纯自然斑块。缓冲单元即为生态缓冲区，其主要功能是减少外界景观人为干扰带来的影响。在这一区域即使进行轻微的分散旅游活动，也可能给缓冲区带来破坏，进而危及核心区的生态稳定，所以这一区域不宜开展密集的旅游活动，不过可以有效安排观光型活动，通过设计来有效限制人为活动对本区的影响。
（2）生态过渡区。这部分位于生态缓冲区的外界，有利于核心区的保护与稳定。由于多样性对确保生态系统和景观的稳定性，缓冲旅游活动对环境的干扰性，提高景区观赏性方面有极其重要的作用。所以在这一带可以考虑提高景观和生物多样性，从而提高生态系统的稳定性和抗干扰能力，进一步美化景观。
（3）农耕区。该区域位于过渡区的外缘，是当地居民开展耕作活动的主要场所，一定程度上也是游客活动的区域。
（4）居民生活与旅游服务区。此区是居民最主要的生活活动区，同时也是旅游服务区，可以为各客源层次的旅游者提供当地特色的旅游服务，如特色餐饮、住宿等。在接近旅游路线的地方适当增加一些旅游服务，丰富地域性旅游供给；在面积较大的自然植被斑块和建筑斑块之间增加一些农业小斑块，如果园、花圃等，并采取列植、丛植或群植等手法构成不同的景观小区，形成以村庄为中心的林农间作模式与居民点四周的庭院经济树种网点模式相结合的结构图式。