加盟店与连锁店的主要区别：
1、产权关系不同。加盟连锁（特许连锁）是独立主体之间的合同关系，各个特许加盟店的资本是相互独立的，与总部之间没有资产纽带；而直营连锁店都属于同一资本所有，各个连锁店由总部所有并直接运营、集中管理。这是加盟连锁与直营连锁最本质的区别。特许经营总部由于利用他人的资金迅速扩大产品的市场占有率，所需资金较少。相比之下，直营连锁的发展更易受到资金和人员的限制。
2、法律关系不同。加盟连锁（特许连锁）中特许人（总部）和被特许人（加盟店）之间的关系是合同关系，双方通过订立特许经营合同建立起关系，并通过合同明确各自的权利和义务。而直营连锁中总部与分店之间的关系则由内部管理制度进行调整。
3、管理模式不同。加盟连锁（特许连锁）的核心是特许经营权的转让，特许人（总部）是转让方，被特许人（加盟店）是接受方，特许经营体系是通过特许者与被特许者签订特许经营合同形成的。各个加盟店的人事和财务关系相互独立，特许人无权进行干涉。而在直营连锁经营中，总部对各分店拥有所有权，对分店经营中的各项具体事务均有决定权，分店经理作为总部的一名雇员，完全按总部意志行事。
4、涉及的经营领域不完全相同。直营连锁的范围一般限于商业和服务业，而加盟连锁（特许连锁）的范围则宽广得多，除商业、零售业、服务业、餐饮业、制造业、高科技信息产业等领域。
通俗一点可以这样理解：
连锁分为两种：
一种为自营连锁： 唯一法人，所有分店都为自己投资建设，统一采购，统一配送、统一标识、统一营销策略、统一价格、统一核算。
另一种为加盟连锁：唯一的商标持有人，加盟者向持有人缴纳一部分品牌使用费，并按照持有人规范使用店的标志、色彩、形象等规范来建设新店。每店为独立法人。
连锁店包括加盟店，加盟店又称连锁加盟店，是连锁的一种形式;
连锁店,即是与总部的经营思路一致象肯德基那样的分店。
加盟店是店主做老板从总部进货自主盈亏的那种店。
连锁店是一个店发达了，又开了一堆店 ，加盟店是一个店发达了，想开连锁但又怕麻烦，就请别人来加盟，合作共赢。
授权是组织运作的关键，它是以人为对象，将完成某项工作所必须的权力授给部属人员。即主管将处理用人、用钱、做事、交涉、协调等决策权移转给部属，只授予权力，不可托付完成该项工作的必要责任，这是授权的绝对原则性。 组织中的不同层级有不同的职权，权限则会在不同的层级间流动，因而产生授权的问题。授权是管理人的重要任务之一。有效的授权是一项重要的管理技巧。若授权得当，所有参与者均可以受惠。
加盟 指参加某一团体戓组织。 可拓展到商业领域，指商业品牌的代理加盟。
加盟就是该企业组织，或者说加盟连锁总公司与加盟店二者之间的持续契约的关系。根据契约，必须提供一项独特的商业特权，并加上（人员培训、组织结构、经营管理、商品供销）的方面的无条件协助。而加盟店也需付出相对的报偿。
连锁店
通俗来说，连锁奶茶店担任的是一个幕后老板的角色，每个店铺的生意都是关系到老板的利益的，所以连锁店一般是统一采购，统一配送、统一标志、统一营销策略、统一价格、统一核算，自己投资,自己管理,会支付品牌方的品牌使用费，来使用门店的名称销售产品。
加盟店
加盟店则是加盟店主自己做老板的店铺经营模式，老板自负盈亏，不过所获得的利润也是由加盟商自己获得，不用像连锁店上交，加盟店加盟时需要收取一定的加盟费，保证金等等，每个店的营销活动可以不一样，但是装修风格，品牌特色基本不变。
那么加盟店和连锁店的区别，我们就可以这样理解了：
区别之一：连锁奶茶店是老板负责盈亏，加盟奶茶店是自负盈亏。
区别之二：连锁店不分主次，占领区域后就会分派一个领导中心来管理店铺，而加盟店是看中别人的店铺，像这个品牌方提供一定的资金，得到这个品牌的授权，自己开店。
区别之三： 加盟是加入优秀的品牌，加入他们的行业，学习他们的销售方式，还需要支付加盟费用，品牌费，广告费用等，需要销售对方指定的产品和产品价格，自己承担自负盈亏，连锁店是指专营一个品牌的产品(多为品牌拥有者自己经营)，现在也有了品牌专卖店是集中几个品牌的经营，前提是一定要有品牌形象有专区陈列。
说到底，连锁店和加盟店的区别也可以这样理解：连锁店是一个店发达了，又开了一堆店。加盟店是一个店发达了，想开连锁但又怕麻烦，就请别人来加盟，帮着经营。
本回答被网友采纳而加盟（也叫特许经营）模式中,特许人和被特许人不是隶属关系而是合同关系,双方是独立的商业主体,总部（特许人）与分部（被特许人）之间的一切法律关系以商业特许经营合同为根据,双方的权利义务按照合同约定和商业特许经营的法律法规的规定来实现。直营连锁与分店的关系类似“官”和“民”的关系，而特许经营是“民”和“民”的关系。