天平天国开科取士，傅善祥中状元， 三天后，傅善祥被派到
杨秀清东王府担任女簿书，相当于主任秘书。二十多岁的傅善祥性情温和，文思敏捷，很快取得了东王的赏识和信任，封为东殿尚书，批答章奏，撰写来往公文，参与机要，成了东王府运筹帷幄的得力助手之一。太平军自金田起义后，鉴于
军事行动的需要，将随军家眷单独组织起来，担任后勤工作，称为“女营”。定都天京后，改称“女馆”，严禁男子入探，夫妇同居，亦犯天条当斩。可是天长日久，引起不满。傅善祥很想改革，便婉转地向东王进言：“天王在永安时，答应攻下
金陵为登天堂，许夫妇团聚，今仍不准有家，不足服众”。东王与天王商量后，下令许夫妻一月团聚一日。不久，清军大举攻城，粮食紧缺，库金入不敷出，每年还要拿出几万两银子养活十三、四万妇女，实在是个不小的负担，傅善祥再次大胆向东王建议，撤销女馆，许夫妇回家团聚，年轻未婚女子亦令婚配，这样一来，既减少了军费，又平息了怨言，东王和天王采纳了傅善祥的意见，并令她主办此事。傅善祥深入女营，把姐妹们的性情、年龄、相貌写在纸上，一一为其撮合，拿着龙凤合挥的青年男女，欢天喜地地向傅善祥道谢而去，“女馆为之一空”。两年后，清军派奸细张继庚在太平军中组织叛乱集团，但很快被东王杨秀清破获。在审迅中，张继庚反咬太平军老战士八百多人，连副主审官胡元炜也被牵连，杨秀清一怒之下，将这批人全部斩首。并把推荐胡元炜任主审的兴国侯陈承瑢、
卫国侯黄玉昆革去爵位，监押审查。傅善祥怀疑
九千岁误中奸细反奸计，便冒险进殿劝谏：“天朝有令，凡罪当诛，必有人证物证，今仅凭清妖口供，岂不造成冤案？万望九千岁三思而行，免得将士离心”。不久，东王将陈、黄二侯放出，恢复了爵位。后来傅善祥又多次劝谏，均未被采纳，便飘然而去，不知所终。
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