由于DNA分子中发生碱基对的增添、缺失或改变，而“引起的基因结构的改变”，就叫做基因突变。
这里的关键词是“引起的基因结构的改变”。
要明确：DNA分子上绝大多数片段都不是基因。 所以，DNA上大部分碱基不属于基因的碱基。所以DNA上碱基变化，不一定就是基因上的碱基变化。
分析一下基因突变的定义，如果DNA分子中发生碱基对的增添、缺失或改变，而没有使基因的内部结构发生改变，就不能叫基因突变。
染色体变异是在基因为单位的基础上变化的。而不是基因内部。
例如，某一染色体上有100个基因。 由于片段缺失，还剩90个基因，少了10个基因。 此时，就叫染色体变异。 染色体变异是在“基因水平”的发生的变异。
再例如：染色体上的 第100个基因 的碱基被替换而引起该基因内部发生变化，这才是基因突变。 基因突变是在“碱基水平”上发生的变异。
这个基因片段上的碱基对全部缺失，就是这个基因片段缺失。这已经属于基因水平的上变化了。 所以属于染色体变异
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