法律分析：二手商铺买卖税费主要有：
1、买家支付的税费：
房地产交易手续费：3元/平方米；
房屋登记费：550元/本（每增加一本证书按每本10元收取工本费）；
权证印花税：5元/本；
印花税：房屋产价的0.05%；
契税：交易价（或评估价）×3%；
2、卖家支付的税费：
房地产交易手续费3元/平方米；
印花税：房屋产价的0.05%。
土地增值税：
A、可提供上手购房发票的，土地增值税=[转让收入－上手发票价（每年加计5%）－有关税金]×适用税率；
B、不能提供上手购房发票的，土地增值税=（转让收入－转让收入×90%）×30%；
个人所得税：据实征收为（转让收入-房产原值-合理费用）×20%，核定征收为转让收入×7.5%×20%。转让收入-房产原值-合理费用相当于个人净收入；
营业税及附加税：A、可提供上手购房发票的，为（转让收入－上手发票价）×5.5%。B、不能提供上手发票的，为转让收入×5.5%。C、税费为差额的5.56%；
土地出让金：商业用途用房，按其网格点基准地价的35%计收；商业路线价区段路的商业临街宗地，加收路线价的10%；办公用途用房按其网格点基准地价的30%计收；
土地出让金契税：按本次征收土地出让金价款的3%征收。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第二条 下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
(一)工资、薪金所得;
(二)劳务报酬所得;
(三)稿酬所得;
(四)特许权使用费所得;
(五)经营所得;
(六)利息、股息、红利所得;
(七)财产租赁所得;
(八)财产转让所得;
(九)偶然所得。
居民个人取得前款第一项至第四项所得(以下称综合所得)，按纳税年度合并计算个人所得税;非居民个人取得前款第一项至第四项所得，按月或者按次分项计算个人所得税。纳税人取得前款第五项至第九项所得，依照本法规定分别计算个人所得税。
《中华人民共和国个人所得税法》第三条 个人所得税的税率：
(一)综合所得，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率(税率表附后);
(二)经营所得，适用百分之五至百分之三十五的超额累进税率(税率表附后);
(三)利息、股息、红利所得，财产租赁所得，财产转让所得和偶然所得，适用比例税率，税率为百分之二十。