1、机构属性不同
国家税务总局，为中华人民共和国国务院主管税收工作的直属机构，正部级。
稽查局是国家税务总局主管税务稽查工作的职能部门。
2、主要职责不同
国家税务总局具体承担所辖区域内各项税收、非税收入征管等职责。
稽查局起草税务稽查法律法规草案、部门规章及规范性文件；办理重大税收案件的立案和调查的有关事项并提出处理意见；指导、协调税务系统的稽查工作。
3、机关隶属不同
国家税务总局隶属于中华人民共和国国务院。
稽查局是国家税务总局的职能部门。
4、内设机构不同
国家税务总局内设机构有：办公厅、政策法规司、货物和劳务税司、所得税司、财产和行为税司、国际税务司、收入规划核算司、纳税服务司、征管和科技发展司、大企业税收管理司、稽查局、财务管理司、督察内审司、人事司、机关党委、离退休干部办公室、巡视工作办公室。
稽查局内设机构有：综合处、制度处、系统工作处、举报中心（案源管理处）、稽查一处、稽查二处、稽查三处、稽查四处、稽查五处（协查处）。
参考资料来源：百度百科-国家税务总局
参考资料来源：百度百科-国家税务总局稽查局
国家税务总局稽查局
(一)起草税务稽查法律法规草案、部门规章及规范性文件;组织拟订并完善税务稽查工作规程及选案、检查、审理、执行各环节相关业务规定;对税务稽查法律法规、部门规章及规范性文件在执行中的一般性问题进行解释;
(二)协同立法、公安、检察和审判机关及其他有关部门解决税务稽查和涉税刑事案件的法律适用和司法解释问题。
(三)组织、协调、督办税收违法案件的查处。
(四)参与重大税收违法案件的审理工作;组织实施处罚听证。
(五)拟订并组织实施全国税收专项检查工作计划,牵头组织全国或地区性税收专项整治工作。
(六)协调税务稽查中的司法工作;参与税务治安的协调工作。
(七)受理税收违法案件的举报,办理重大税收违法案件的立案和调查的有关事项并提出审理意见。
(八)组织税收违法案件中增值税专用发票及其他可抵扣凭证的协查工作;参与协查信息管理系统建设。
(九)参与稽查专项经费的管理工作。
(十)办理总局领导交办的其他事项。
国税局稽查局是同级国税局的直属机构,属于国税局管辖。稽查局更侧重税收业务,特别是财会、税收业务,而国税局更侧重于管理。从锻炼人的角度,稽查局更好些,从个人今后晋升、发展上,国税局可能更好些。各有利弊,各有千秋吧
存在隶属关系，但同时，稽查局也可以独立行使相关执法权。