明郑时期行政区域划分:
1661年郑成功攻入台湾，五月占普罗民遮城，改赤崁为东都明京，台湾总地号为「东都」。设承天府，下辖天兴县、万年县二县，另设澎湖安抚司。
天兴县治设於佳里兴（今台南县佳里镇），辖区涵盖今日嘉南至台北的台湾西部区域。另外，万年县县治设於台南县二赞行（今台南县仁德乡二行村），辖区除了包含台南一部外，也涵盖高屏地区。
郑成功死后，继位的郑经於1664年改东都为东宁，东宁成为全台湾的称呼。同时，他又将承天府辖下的天兴万年两县改制为州。承天府典两州下，又增设三安抚司、四坊、二十四里及数量不等的台湾原住民社。其中，澎湖安抚司、南路安抚司、北路安抚司设安抚使，州设知州、坊设签首、里置总理。其中，签首及总理两职负责如：户籍、迁徙、婚嫁、出生、死亡等基层民事，并规定按时汇呈州府。
明郑军事:
1662年，郑成功除固守金门数万水师之外，亲自率领约25,000名士兵攻打台湾大员，打败荷兰东印度公司的部队，展开对於台湾的统治。
明郑军事制度与组织渊源复杂，且经多次变革。如简化之，其官职大约可分为五军戎政（五军戎务）、总督军务、管军提督、将军、亲军卫镇、陆师镇、水师镇及监军数部份。
1683年明郑覆灭后，郑军将领与军队悉数被强迫内渡中国，而据《钦命太保建平侯郑造报官员兵民船只总册》，据守台湾的官兵共有37500名。
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