法律分析：医保和农村合作医疗的区别是报销比例以及报销的条件不同。
1、城镇职工医疗保险的报销比例是80%，根据就诊医院的不同起付线也是不同的，三级甲等医院的起付线要高一些；新农合的报销比例要低一些，也就是65%左右。都有用药的限制，对于进口药特效药是不报销的。
2、城镇职工医疗保险有医保卡，卡里的金额是个人账户的金额，可以用医保卡刷卡买药；而新农合没有个人账户。
3、城镇职工医疗保险有定点医院，在任何一家定点医院报销比例都是相同的；新农合也有定点医院，但是在乡镇级别医院的住院报销比例最高，县级、市级、省级医院的报销比例依次降低。
法律依据：《中华人民共和国社会会保险法》 第二条 国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度,保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。