灾毁土地复垦是采取一系列措施对田、水、路、林及受损的生态环境等进行整治和恢复，在施工过程中不可避免地会对项目区的水环境、土壤、植被、大气、生物等环境要素及其生态工程产生影响，所以分析复垦过程中一些生态要素的改变对土地系统及其周边生态环境的影响情况，有助于建立完善的复垦生态效益评价体系。灾毁土地复垦生态效益评价分析指标包括定性分析指标和定量分析指标。
(一)定性分析指标
目前并没有统一、完善的灾毁土地复垦生态效益评价标准，加之受试验、检测手段和实际情况的约束，完全通过定量分析评价是有一定难度的，所以必须充分运用定性分析方法。
在生态效益评价中，通常采用的定性评价指标有：自然资源综合利用情况，水资源利用状况，土地资源节约利用状况，已有耕地是否得到合理利用，对于缺能区，特别是生活缺能区能源开发利用状况，项目区“三废”及噪声情况，项目实施过程中及实施后对区域生态环境的影响状况等。
(二)定量分析指标
灾毁土地复垦首先是对农业生态系统结构产生影响，从而导致系统的功能也随之变化；然后是改变农业生态系统与环境之间的联系和作用状态，从而对环境产生影响，这种影响又反馈于农业生态系统的结构。因此，灾毁土地复垦的生态效益评价指标体系与傅伯杰(1997)所认为的类似，主要包括三方面：①生态系统结构的合理性评价指标；②生态系统功能评价指标；③生态环境质量评价指标。生态系统结构的合理性评价主要反映了农业生态系统中每个组成要素的组合及相互间关系的特点，以及它在整个系统中的时空变化和空间配置的合理性；生态系统功能评价则衡量了人类对土地资源的利用，从农业生态系统中持续稳定地生产出产品的能力；生态环境质量评价则是分析灾毁土地复垦各项活动所引起的农业生态环境质量变化及其发展趋势，以及对农业的持续发展是否有利于和能否满足人类对环境质量的要求。根据以上原则，建立生态效益评价指标体系，见表9-4。
表9-4 生态效益评价指标体系
各个评价指标的相关运算公式为：
1.土地垦殖率
灾害损毁土地复垦
土地垦殖率又称土地垦殖系数，指一定区域内耕地面积占土地总面积的比例，是反映土地资源利用程度和结构的主要指标。土地垦殖率与自然条件和社会经济条件密切相关。人口越多、土地质量越好、耕作时间越长、经济技术力量越强的地区，土地垦殖率一般越高。
2.绿色植被覆盖率
灾害损毁土地复垦
3.森林覆盖率
灾害损毁土地复垦
森林覆盖率又称为森林覆被率，是指在地区土地总面积中森林面积所占的百分比，它既是衡量地区森林面积所占情况或者森林资源的丰富度及实现绿化程度的一项指标，又是制定森林经营和开发利用方针的重要依据。在计算森林覆盖率时，森林面积包括郁闭度在0.2以上的乔木林地面积和竹林地面积，以及国家特别规定的灌木林地面积、农田林网以及四旁(村旁、路旁、水旁、宅旁)林木的覆盖面积。森林覆盖率是反映森林资源的丰富程度和生态平衡状况的重要指标。
4.耕地灌溉保证率
灾害损毁土地复垦
耕地有效灌溉面积是指地块比较平整、具有一定的水源、灌溉工程和交通设施已经配套、当年能够进行正常灌溉和耕作的耕地面积，一般包括土地利用现状分类中的灌溉水田、水浇地、旱地。有效灌溉面积反映了复垦区灌溉与排水设施建设的程度，其所占耕地比值越高，则整个农业生产系统遭受干旱的威胁越小。同时，有效灌溉面积反映了用集约化方式利用农用地和水资源的程度，其变化与水资源供应和农业投入密切相关。
5.土地侵蚀率
灾害损毁土地复垦
土地侵蚀是指土地受到自然界风力、水力和机械重力等原因造成对地表土的搬运流失而降低土地质量的一种破坏作用。自然灾害中的滑坡、泥石流、地震、洪水等对土地侵蚀相当严重，因此土地侵蚀率是灾毁土地复垦生态效益评价的重要指标。
6.土地盐碱化率
灾害损毁土地复垦
土壤盐碱化是指土壤含盐量太高(超过0.3%)，而使农作物低产或不能生长。治理盐碱地的措施有水利改良措施(包括灌溉、排水、清淤、种稻、防渗等)、农业改良措施(包括平整土地、改良耕作、覆客土、施肥、播种、轮作、间种套种等)、生物改良措施(包括种植耐盐植物和牧草、施用绿肥、植树造林等)、化学改良措施(主要是施用土壤改良物质，如石膏、磷石膏、亚硫酸钙等)。每种措施都有一定的适用范围和条件，因此必须因地制宜，综合治理。
7.水土流失面积
灾害损毁土地复垦
水土流失是不利的自然条件与人类不合理的经济活动互相交织作用产生的，导致水土流失的原因有自然原因和人为原因。自然原因主要是由地貌、气候、土壤(地面组成物质)、植被覆盖情况、地震、洪水、滑坡等因素造成的；人为原因主要指地表土壤加速破坏和移动的不合理的生产建设活动，以及其他人为活动。
8.土地退化面积比率
灾害损毁土地复垦
该指标要进行复垦前后对比，以表示项目实施后变化情况。土地退化面积减少越多，说明复垦效果越好。
9.旱涝灾害率
灾害损毁土地复垦
通过一系列工程、生物措施，相比复垦前，复垦后的旱涝灾害率越小，说明复垦效果越好，复垦生态效益越明显。
此外，灾毁土地复垦生态效益评价指标还包括水体环境质量指数、土壤有机质平衡比率、次生地质灾害隐患、土壤养分含量(如有效氮、磷、钾和有机质)等相关指标。