复旦和上海交大最好的专业，
是两校的国家级特色专业。
复旦大学的国家级特色专业有：
新闻学
微电子学
软件工程(设3个专业方向)
临床医学
汉语言文学
预防医学
生物科学
哲学
物理学
基础医学
经济学
历史学
数学与应用数学
化学
国际政治
核技术
管理科学
上海交通大学的国家级特色专业有：
微电子学
信息安全
信息工程
软件工程(设3个专业方向)
临床医学
口腔医学
生物技术
机械工程及自动化
信息工程
船舶与海洋工程
工业工程
医学检验
计算机科学与技术
生物医学工程
电气工程与自动化
土木工程
热能与动力工程
自动化
工程力学
生物工程
护理学
法学
电子科学与技术
环境科学与工程
化学工程与工艺
食品科学与工程
植物生物技术
核工程与核技术
材料科学与工程
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