生物工程和生物医学工程专业主要的区别是：
1，题目偏重点不一样
（1）生物工程是下游生产为主，就业以实践为重，如：氨基酸生产、酒酿造、产品检测等等。就是生活中的应用。
（2）生物医学工程学医疗仪器，很多学校把它归类到机电方面，也有编到生科院的，当然根据学校情况教学重点不同。还有叫生物科学属于上游技术，理论科研为重。
2，课程设置不一样
（1）生物工程
主要课程
高等数学、线性代数、无机化学与化学分析、植物组织培养技术、有机化学、生物化学、化工原理、生化工程、微生物学、细胞生物学、遗传学、分子生物学、基因工程、细胞工程、蛋白质工程、微生物工程、生物工程下游技术、发酵工程设备、概率论与数理统计、动物生理学、生态学等。
实践教学
包括教学实习、生产实习和毕业论文设计等，一般安排10-20周。
（2）生物医学工程
主要课程
《高等数学》、《普通物理学》、《模拟电子技术》、《脉冲数字电子技术》、《医用传感器》、《数字信号处理》、《微机原理及应用》、《医学图像处理》、《医用仪器原理》、《医学影像仪器》、《检验分析仪器》、《临床工程学》、《正常人体形态学》、《生物化学》、《生理学》、《诊断学》、《内科学》、《外科学》等。
主要实践性教学环节
实践环节有：电子工艺实习;认识实习;金工实习;生理学实验;电子技术综合实验;专业实践综合训练;生产实习;论文综合训练等。
3，生物工程专业通过掌握生物技术及其产业化的科学原理、工艺技术过程和工程设计等基础理论，基本技能，能在生物技术与工程领域从事设计生产管理和新技术研究、新产品开发的工程技术人才。
4，生物医学工程学科是一门高度综合的交叉学科,这是它最大的特点。生物医学工程它综合工程学、生物学和医学的理论和方法，在各层次上研究人体系统的状态变化，并运用工程技术手段去控制这类变化，其目的是解决医学中的有关问题，保障人类健康，为疾病的预防、诊断、治疗和康复服务。