19世纪50～70年代，中国云南地区回族人民在太平天国起义影响下掀起的大规模反清起义。
1856年(咸丰六年)，在清朝地方官挑拨下，回、汉人民为争夺南安(今双柏)石羊银矿而发生冲突，遂转化为起义。之后，云南各地回民相继揭起义旗，分散各地的小股起义队伍，很快形成两支势力强大的起义军。一支活动于云南东部、南部的起义军，兵马众多，声势很大，但起义军领导者马复初、马如龙皆为回族上层分子，没有反清到底的决心。
1857～1861年间，3次围攻省城昆明，时战时和，一直未能攻克，最后投降。另一支杜文秀领导的西部起义军，自蒙化起义后一直坚持抗清，起义军攻克大理后，杜文秀被推为总统兵马大元帅，宣布遥奉太平天国号令，蓄发易服，联合汉、彝、白等民族建立政权。大理政权在军事上不断打击清军，直至控制云南大半省份，深受滇西各族人民拥护与支持。
1867年(同治六年)，起义军20余万兵分4路，东下围攻昆明，义军长期列兵城下，围而不攻，致使清军利用时机重新调整力量。
1869年，在清军猛烈反攻下，围城战役失败，此后局势急速逆转，步步失利。
1873年，清军兵临大理城下，杜文秀服毒后出城与清军议和，被清军杀害。清军统帅岑毓英背弃议和诺言，纵兵血洗大理城。至此，坚持18年的云南回民起义宣告失败。 云南境内多山，土地贫瘠，经济落后，各族人民在地方官吏、土司头人和地主豪强的重重剥削压迫下，生活极端贫困。太平天国起义后，东南各省自顾不暇，断绝了对云南的协饷银，于是云南地方当局进一步横征暴敛，苛捐杂税层出不穷，以致各族人民生活更加困苦，反清情绪日烈。
云南地方当局为了转移人民视线，还不断挑起民族纠纷，“护汉抑回”，加剧回汉矛盾，终于迫使回民走上武装起义的道路。 1856年6月，姚州(今姚安)回民首举义旗，7月攻占姚州城。各地回民纷纷响应。滇西的蒙化厅(治今巍山)、顺宁府(治今凤庆)、鹤庆、丽江，滇南的新兴(今玉溪)、临安府(治今建水)、昆阳(今晋宁)、激江(今澄江)，滇东的曲靖、寻甸等地，都有回民相继起义。与此同时，汉族和彝、哈尼、白、壮等民族亦纷纷举事，起义烽火遍及云南全境。以回族为主的云南各族人民起义，震撼了清朝统治当局，清廷急令云贵总督恒春“痛加剿洗”。
由于兵力不敷派遣，恒春无能为力，始终顾此失彼。起义军乘机发展力量，声威日壮，并逐渐形成两大集团：一是以马德新(即马复初)、马如龙为首的滇东、滇南回民起义军；一是以杜文秀为首的滇西回民起义军。滇东、滇南起义军曾西克楚雄(参见楚雄之战)，三攻昆明，造成过轰轰烈烈的形势。但马德新、马如龙均为回族上层分子，意志不坚，在清廷高官厚禄诱惑下，于1862年3月降清，从而葬送了滇东、滇南的大好革命形势。滇西回民起义军则于1856年10月公推有宏图大志、忠直廉洁的杜文秀为总统兵马大元帅，建立了大理政权，并宣布追随太平天国。为巩固政权，杜文秀统一军制，严明纪律，实行一系列有利民族团结和发展生产的政策，不仅击退清军多次进攻，而且扩大了控制地区。
至1861年10月，滇西20余个厅州县均在大理政权的管辖之下。1862年夏至1864年夏，杜文秀领导的滇西回民起义军多次粉碎了清军的“招抚”伎俩。
1867年，杜文秀在击退叛徒马如龙率领的近万清军进攻之后，调集10万大军东征昆明。
1868年3月，起义军包围昆明，清廷震惊。然而，兵力占绝对优势的起义军并未乘胜向昆明城发动猛攻，却利用附城寺庙、堡寨、筑墙掘壕，企图凭借坚固工事长期围困，结果坐失良机，使清军得以调整力量，调派援军反扑。起义军围攻昆明一年有余，由于远离根据地，后勤保障困难，特别是顿兵坚城，久攻不克，士气日益低落。
从1869年6月起，战局急转直下，昆明外围阵地先后被清军攻破。同年12月，东征终于失败，起义军精锐部队所剩无几，而进攻的清军则逾10万，双方力量对比发生了根本性变化。在此情况下，云南巡抚岑毓英决定进军滇西。
1869年10月，清军兵分三路，向滇西大举进攻。起义军虽浴血奋战，但终因兵力不足，相继失去姚州、镇南(今南华)、永昌(今保山)等军事要点，使清军得以逼近大理。
1872年11月初，清军包围了大理城。杜文秀决心在大理与清军决一死战，但随着形势的不断恶化，内部危机加深，部将降清。杜文秀终于绝望，于12月27日服毒后出城伏诛。清军诱杀起义军首领后，血洗大理城。
1873年5月，起义军据守的最后一座城市腾越陷落，坚持18年之久的云南回民起义最后失败。 1856～1873年间云南回民起义军反抗清朝统治的起义战争。
起义爆发及初期战事
19世纪初，云南民族矛盾和阶级矛盾空前尖锐。
1854年（清咸丰四年），回、汉民因争夺石羊银矿发生械斗，官府乘机挑拨，致事态不断扩大。
1856年春，云南巡抚舒兴阿借口回民“作乱”，严饬各府州县聚团灭回。各地回民奋起反抗：马金保、蓝平贵在姚州（今姚安），杜文秀在蒙化（今巍山），马德新在新兴（今玉溪），马如龙在建水，徐元吉在澄江（今澄江），杨振鹏在昆阳（今晋宁），马联升、马荣在曲靖、寻甸，先后起义。各起义队伍不久汇集成两大支：一支由杜文秀领导，活动于滇西地区；一支由马德新、马如龙领导，活动于滇东南地区。
马德新、马如龙部回民军攻城略地，很快控制了滇东南大部地区。
1857年、1860年和1861年，马如龙率回民军先后三次围攻省城昆明，均未能破城。其间，一度应杜文秀之请，率军驰援滇西，有力地支援了大理政权的反清斗争。
1862年（清同治元年）3月，马德新、马如龙为清军所诱，尽举所据诸城献降，滇东南回民起义遂告失败。
滇西回民军1856年9月占领大理，建立起义政权，推举杜文秀为总统兵马大元帅。大理政权宣布“不分回汉，一体保护”；同时分官设守，设立都督、大司、将军等名目，统率各军；还先后制定了一些加强军政建设的法令，深得各族人民拥护。回民军分兵粉碎了清军的多次“进剿”，并攻取滇西各城：东线，先后击败提督文祥、署提督福兆部清军进攻，在滇东南回民军的配合下，1860年大败西犯的清军于楚雄、宾川（今宾川南）等地，毙署提督褚克昌，楚雄以西尽为回军所有；北线，与清军长期在丽江府属各县进行拉锯战，互有胜负，1860年乘东线楚雄、宾川之战大败清军之机攻占北部诸县，控制了大理以北各城；南线，经数年征战，攻克顺宁（今凤庆）、永昌（今保山）、普洱等府所属各厅县。
到1862年底，占领了整个滇西地区。滇东南回民军失败之后，清云南当局遂集中力量，进攻滇西。1863年，署布政使岑毓英率清军大举西犯，攻陷滇西大部分州县，逼近大理。滇西回民军顽强阻击，同时又联络降而复起的滇东南回民军马荣、马联升部扰其后路，威胁省城，迫岑毓英率部回援，乘机夺回所失各城。
1867年春，署提督马如龙率清军西进，企图“约期会剿，直捣大理”，但数路皆溃，马如龙败逃回省，回民军进围楚雄。
东征昆明
1867年6月，乘马如龙败退和云南清军主力调赴贵州镇压苗民起义之机，大理政权调集10万大军，分兵四路东征昆明：北路由大司衡杨荣等统率，先后克定远等城，直下富民；西路由大司政刘诚统率，相继克广通（今楚雄东北）等城，进占安宁；南路由大司戎马国春指挥，先后占领楚雄等城，进克呈贡；东路由扬威大都督蔡廷栋率领，出大姚，经武定，进克嵩明。
1868年3月，东征军从北、西、南三面包围了昆明。时布政使岑毓英率重兵驻曲靖，仅马如龙率清军1.5万人困守昆明孤城，等待援军。但东征各军缺乏统一指挥，配合不力，错误地采取列兵城下、修筑营垒、持久作战、坐困清军的方针，既没有完全截断城东清军通道，又未及时派兵打援，致使清军赢得时间布置反攻。
驻师曲靖奉命驰援昆明的岑毓英，为实施其先以主力夺取近省各城，切断滇西与省城通道，然后集中兵力打击孤立无援的围城回民军的战略计划，令游击杨玉科绕道四川会理南下，攻占元谋等城，直逼富民，遏回民军后路；自率3万余人直赴昆明，3月中旬进抵昆明东南郊，与城内清军沟通联络，并相继攻陷呈贡、晋宁、澄江。时新任云贵总督刘岳昭率部由黔入滇，遣总兵李家福南下进围寻甸，以解省城之围，兼保东路。北路回民军东向救援，寻甸围解。防守昆明的总兵李维述乘机袭占义军粮秣重地富民，并会同杨玉科部再占禄劝等城。
1869年6月，在杨玉科、李家福部前后夹击下，防守嵩明的大司寇李芳园、监军蔡杜氏（杜文秀之女）等不战而降，寻甸守将马大顺旋亦降清。9月，广通失陷，东征军后路被完全切断。屯兵昆明城下的回民军领导人“聚谋不知为计”，部分回民军将领妥协动摇，互相猜忌，继大司疆段成功降清之后，大都督蔡廷栋又缚大司徒安文义投敌，其余回民军被清军各个击破，东征失败。
大理保卫战
清军既解省城之围，遂分三路向滇西大举进攻。回民军节节抗击，与清军逐城争夺，但因东征失败，元气大损，只能取守势。
到1870年10月，北路清军占领了丽江、永北（今永胜）诸城；南路清军夺取了景东、缅宁（今临沧）、威远（今景谷）；杨玉科、李维述率领的中路军主力攻占了楚雄、姚州等城。此后两年，回民军在大理附近各城据险以守，与清军频繁作战。
1872年5月，弥渡、云南（今祥云）相继失守，6月，清军攻占大理咽喉赵州（今下关东），大理南北门户下关、上关随之陷落，蒙化守将举城降清，大理失去屏障。11月，清军包围大理城，回民军屡次出战不胜。时大理城内尚有回民军6万左右，弹粮亦足，杜文秀认为，若背城一战，即不胜亦可守数年。为防清军逼近城根，回民军挖地道至城壕，上立木笼营数十座，施放大炮。清军遂引苍山水，尽淹木笼营，乘势逾壕，逼近城根，并筑炮台数十座，高出城墙，变仰攻为俯击。12月中旬，清军挖地道轰塌城垣，攻入城内。回民军与敌各据半城，展开激烈战斗，终因众寡不敌，部分将领暗中投敌，大理陷落。
1873年3～5月，回民军仅存之顺宁、云州（今云县）、腾越（今腾冲）三城接连失守，起义战争失败。
云南回民起义战争，义军领导能团结各族群众，建立起一支比较有组织、有纪律的起义武装，坚持斗争达18年之久，沉重地打击了清朝云南当局的反动统治。但是东征昆明这一关键性军事行动筹划不周组织不力，作战指导失误，结果丧失精锐导致了战争的最后失败。
