（一）从根本上解决了财政资金多环节拨付、多头管理、多户头存放的弊端，提高了财政资金使用效益
过去单位用款计划批准后，国库要一次将资金拨入单位银行账户，一方面形成财政资金结余多户头分散存放，另一方面却造成国库资金不足，调度困难。实行国库集中支付后，实现了单位用款计划与资金拨付相分离，使单位形成的结余体现为用款计划指标结余，而实际资金结余却在国库或国库集中支付专户。从陕西省2001年4月份的实际数据看，省级国库向会计中心集中支付专户拨款数占实际用款计划的57%，财政可缓拨经费达43%，较以前国库结余资金增加7677万元，加上会计中心集中支付专户资金余额，实际增加国库结余资金9533万元，占用款计划数的53%。
（二）降低了财政资金运行成本
首先，实行国库集中支付后，单位未使用资金全部结余在国库，可减少短期借款或发行国债数量。其次，由过去向多个户头拨款变为向一个户头拨款，大大减少了在途资金量，从而降低了财政资金运行成本。从陕西省2001年4月实行国库集中支付制度的运行结果来看，国库实际拨款次数仅7次，而在实施前，国库每月要对170多个账户开出拨款凭证300多张。
（三）强化了财政预算的执行，推进了部门预算改革步伐
过去是将资金直接拨入预算单位银行账户，而单位是否按既定的预算执行，执行进度如何，只能在事后检查监督，容易形成预算和执行两张皮。2013年每笔支出都处应在相预算指标控制之下，财政可随时掌握各项预算的实际支出进度，为制定更加合理的部门预算提供准确资料。
（四）真实反映了财政资金的实际支出数，使财政部门对财经形势做出及时、准确的判断
按现行总预算会计制度的规定，财政资金的支出数以财政拨款数列报支出。由于财政资金是层层下拨，而单位往往是先把资金要到自己账户上后才开展业务，造成大量资金分散于各部门、各单位在商业银行的账户上，各项支出的实际形成有一定的滞后期，财政总预算列报的支出并不反映财政资金的实际支出数，而且两者差距很大。财政部门和中央银行无法全面了解整个财政资金的运转状况，给财政预算编制等项工作带来一定困难，甚至造成资金的浪费。实行国库集中支付后，财政总预算支出和单位支出实际上是同时形成的，财政总预算支出能真实反映财政资金的实际支出数，有利于财政部门对财经形势做出及时、准确的判断。
（五）有效防止了对财政资金的挤占、挪用和截留，从源头上预防和遏制了腐败
实行国库集中支付后，所有财政资金不再预拨到预算单位账户，在预算执行前就对其进行审核，结余都以指标体现，所以挤占、挪用和截留财政资金的可能性大大降低，特别是截留财政资金已不可能。由于预算单位每笔支出均要通过财政的审核，随着部门预算改革的实施，预算更加细化，从而起到预防和遏制腐败的作用。
（六）提高了资金到位速度
实行国库集中支付制度后，对各预算单位来说，省去了国库向单位拨款程序，国库处批准单位用款计划后，直接通过电子网络传送到会计中心，会计中心收到用款计划，单位即可使用资金，可提前资金到位时间3—5天。
