这两个学校各有所长，关键还是看LZ自己的目标了。首先，从学科综合性角度讲，可以说国内没有那所大学可以比浙大的学科综合度更高（当然，这并不代表浙大在每个领域都是一流的），而中科大理工科（尤其是理科）院校，所以如果LZ想学经济、医学这些方面（既然LZ咨询中科大，这里姑且认为你的方向非纯文科路线），浙大无疑比中科大更好。浙大的工科，正如楼上所说，在国内也是领先地位，也是由于中科大的选择。对于理科，中科大整体上的实力就很有竞争力了。这里指的理科是指传统的理科（数理化），物理这方面，中科大的实力绝对在浙大之上，仅从它有正负电子对撞机就可以看出。化学方面，两个学校都比较有实力，但是中科大可能略胜一筹。至于数学，虽然没有北大数院那种规模，两个学校也都是国内数学的翘楚。中科大数学的实力相对平均一些，没有特别薄弱的方向，浙大则属于强的方向很强（如几何分析，运筹学，概率极限），但也有明显的弱项（比如应用统计）。另外就比较新型的理科如生物科学，两个学校实力很难比较，因为并不是特别突出，至少不是国内最顶尖的，本人对此也不是特别了解。还有一个理科（有的地方也归为文科）——心理学，浙大的心理学是国内第二还是第三存在争议，但是与北师大、北大共同作为中国心理系三甲是没有争议的。
另外从名气上讲，应当说中科大是占据很大优势的，尤其是如果LZ外来的打算是出国留学，中科大的牌子在国际上很响，可以说中国的学校中，除了清华北大，就要数中科大了。而浙大虽然在建国前曾经是中国最牛的高校之一，但是见过后出现了长达数十年的沉寂，近十年才开始重新显现，从声望上讲是比不上中科大的。
从地理位置上讲，这个不需要太多说明了，如楼上所言，中科大这个位置实在是不太行。
从院士数量上，中科大胜出。但是个人认为，这样的数字只是给外人听的，因为院士一般不太有机会指导到本科生，而且现在的所谓大学中的院士绝大多数是挂名的，除了在北京和上海的高校，很少会有院士平日待在大学里。二来，总研究产出上，院士是对过去的写照，于现在并无实际所用，更多是一个个人荣誉。被评为院士的大多已经五六十岁，甚至年过古稀，这个阶段一般已经在科研上做不出什么新的成果了。
最后，同样仅是个人观点，有可能遭到批驳：中科大在过去几十年所取得的辉煌成绩是有目共睹的，作为中科最有特色的理工科院校，在众多方面的表现值得称道。但是今年来的学风似乎有走下坡路的趋势，变得愈加浮躁，功利性很强，这些是通过本人个实际位中科大的学生交流，以及本人的同学，导师去中科大访问或研究的的经历得出的。如果这样的势头不及时遏制，未来几年，中科大很可能逐渐远离其辉煌。另一方面，浙大今年来发展速度很快，这中间也出现了一些问题，比如管理失效，监察不严，又如前一段时间的论文事件。但是本人曾在浙大做过一年的交换生，在本人看来，浙大的学生和教师的整体质量和学风是很不错的。在管理体系上有待加强，未来应该有更多发展空间。
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