自中国地质环境监测院成立以来，它在国家发展和改革委员会、中国地质调查局的指导下，积极拓展与直属国务院的地质资源管理机构之间的合作关系。他们强化了与国家土地资源行政管理部门的业务交流与协同，特别是对省级地质环境监测机构，提供了详尽的业务指导和支持，旨在提升其专业服务水平。
同时，中国地质环境监测院致力于与各相关部门建立稳定的业务联系，通过技术共享和信息交流，共同推动地质环境监测工作的进步。这种紧密的业务协作不仅加强了部门间的技术协作能力，也有利于地质环境的科学管理和有效保护。
中国地质环境监测院是国土资源部直属事业单位，承担全国地质环境监测网的建设与管理和全国地质灾害的监测、预报、预警以及相关调查研究工作，开展水文地质、工程地质、环境地质信息服务。