与其他系统疾病不同，男性不育不是单一的特异性疾病，而是由多种病因导致的男性生殖器，包括内外生殖器和性腺轴不同水平的异常，最终表现为生育力下降或丧失的综合病症。正因为如此，对于男性不育症不可能用一种特效的药物或方法，治愈各种不同病因所致的男性不育症。相反，由于目前还未能认清全部男性不育的病因，因此，也就尚无肯定有效的治疗方法用于临床。目前在临床有一定疗效的治疗方法主要有以下几种。
（1）内分泌治疗。主要应用长效庚酸睾酮治疗促性腺激素低下的性腺功能低下症；溴隐亭治疗高泌乳素血症；枸橼酸氯米芬治疗少精子症以及人绒毛膜促性腺激素和人绝经期促性腺激素合用治疗促性腺激素低下症。
（2）生殖道炎症治疗。目前主张联合应用抗生素与抗炎类药物，治疗的效果较好。
（3）免疫治疗。应用外科手术切除生殖管道局部的损伤病灶，减少抗精子抗体的产生，同时使用免疫制剂，可取得较好疗效。
（4）外科治疗。近年应用显微外科技术治疗男性生殖系疾病，是男性不育诊治技术的主要进展。现已广泛用于临床的有：输精管的显微外科吻合术、附睾管与输精管的显微外科吻合术。
（5）人工授精。应用各种物理和生物化学技术处理精液，提高精子受孕能力，进行夫精人工授精。应用精液冷藏技术，对无精子症患者给予供精人工授精，但实际应用中对于供精者的选择等尚有许多复杂问题。
（6）原因不明的不育症治疗。目前除了已经明确了病因而且有一定治疗方法的男性不育症外，尚有许多原因不明，诊断不明确的少精子症和弱精子症，统称为原因不明的男性不育症。此种情况的治疗方法繁多，但疗效均不肯定，主要有激素、抗生素、甲状腺素、维生素、微量元素、氨基酸等药物以及中草药治疗，同时辅以劝告患者避免烟酒，防止精神紧张、过度疲劳以及保持正常营养和规律的生活习惯等。