农村盖房子占用耕地这种情况应以拆除的方式来处理。
根据相关法规的规定，严禁任何单位或个人，未经批准在耕地上建房。对不符合建房条件和用地规划非法占用耕地的已建成房屋（包括临时搭建简易房屋、构筑物）以及在基本农田保护区内建房的，一律由市国土资源部门责令自行拆除，恢复原状，逾期不拆除的，由市国土资源部门立案查处，依法强制拆除。
严厉打击擅自买卖农村集体土地用于非农业建设和占用耕地进行房地产开发的行为。一经发现，依法查处，没收非法所得，并处罚款，构成犯罪的，依法追究法律责任。市国土资源部门要严格报批程序和依法执行报批制度，严格控制城市居民到农村建房。
严格实行基本农田保护“五不准”，即：不准（除法律规定国家重点建设项目之外）非农业建设占用基本农田；不准以退耕还林为名，将平原地区耕作条件良好的基本农田纳入退耕范围；不准占用基本农田植树造林，发展林果业；不准在基本农田内挖塘养鱼和进行畜禽养殖，以及其它严重破坏耕作层的生产经营活动；不准占用耕地新建砖瓦窑，不允许从耕地取土烧砖。
禁止任何单位和个人在基本农田保护区建窑、建房、建坟、挖砂、采石、采矿、堆放固体废弃物或进行其它破坏基本农田的活动，对已造成基本农田破坏的，用地单位和个人应当按照国家、省人民政府的有关规定复垦。
禁止农村村民出卖、出租住房后，再申请使用宅基地，农村村民一户只能拥有一处宅基地。每一户用地面积使用耕地不超过130平方米，使用荒山、荒地不超过210平方米，使用其他土地不超过180平方米。村民建住宅，应当符合乡镇土地利用总体规划，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。
《中华人民共和国土地管理法》
第三十三条 国家实行永久基本农田保护制度。下列耕地应当根据土地利用总体规划划为永久基本农田，实行严格保护：
（一）经国务院农业农村主管部门或者县级以上地方人民政府批准确定的粮、棉、油、糖等重要农产品生产基地内的耕地；
（二）有良好的水利与水土保持设施的耕地，正在实施改造计划以及可以改造的中、低产田和已建成的高标准农田；
（三）蔬菜生产基地；
（四）农业科研、教学试验田；
（五）国务院规定应当划为永久基本农田的其他耕地。
各省、自治区、直辖市划定的永久基本农田一般应当占本行政区域内耕地的百分之八十以上，具体比例由国务院根据各省、自治区、直辖市耕地实际情况规定。第三十六条 各级人民政府应当采取措施，引导因地制宜轮作休耕，改良土壤，提高地力，维护排灌工程设施，防止土地荒漠化、盐渍化、水土流失和土壤污染。