笼统说来，总督是武官，巡抚是文官。
清朝的总督可以说是清朝的中前期，是兵权较大的一个官职。当时的中央经常会给总督临时决定权，总督可以自己判断是否出兵打哪个地方。不过中央在给予总督临时决定权的同时，也是设置了一些将军、巡抚。提督之类的官员出来，让这些人去对总督的军权加以限制。
除此以外，当时的总督虽然有兵权，但是他却没有军官的任免权。因此总督在调兵遣将这一方面并不能随心所欲，在大多情况之下，总督仍然是需要听从中央政府的命令的。而到了清朝末年，中央政府开始式微，因此总督对军队的控制权便是大大的加强了。在那个时候，可以说各省的部队都已经成为了总督的私人军队，而总督也就慢慢成为了后来的军阀。
相较于总督在清朝中前期偏向于军权，那么巡抚就偏向于民权了。总督和巡抚虽然并非上下级的关系，但总督对各省的军队都有很大的控制权，因此总的看来，巡抚的官职是不如总督的。
但是到了清朝末年，随着局势动荡，总督能管的也只有他常在的那一个省了，而其他省的巡抚的权力也就渐渐上升，逐渐巡抚的地位就与总督不相上下了。
巡抚，顾名思义，他便是一个省的最高长官。在清朝中前期，巡抚所能管的也只是本省的一部分军权以及大部分关于民生方面的权力。而到了清朝末年，随着清朝中央权力的分散，因此巡抚的权力也是越来越大了，到最后巡抚甚至可以和总督相抗衡。
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