推进制度集成创新，要注重协调推进，突出系统集成。制度创新是一个系统工程。自贸港建设更加注重创新的系统集成，对政策和制度体系整体要求更高。按照《海南自由贸易港建设总体方案》，海南要在贸易、投资、金融、运输、人员进出境和数据跨境流动等方面，大胆吸收借鉴国际经验，采取更为自由、更为便利的政策措施。
自主创新在过程上包括两个方面：
一是知识创新，二是技术创新。知识创新是着重对自然界的研究并获得新发现，具有基础性特点，主要以大学和科研院所为主体；技术创新则是着重将基础科学研究成果转化为技术服务人类，强调成果的应用性，它往往以企业为主体。
知识创新和技术创新的有效衔接就在于两个创新主体的有机结合。就是说，作为技术创新的主体的企业主动向高校和科研机构进行投入或者提出所需要的带有产业化的科研方向，以获取原创性成果，实现原始创新。
作为知识创新主体的高校和科研机构主动参与技术创新过程，用知识创新成果解决其技术创新的难题，主动将知识创新成果在企业转化。