一言概之，九型人格看的是人性的本质，MBTI看的是行为习惯。
（建议根据实际了解的情况进行补充）
A、实施难度
（1）、九型人格难在人性本质难以捉摸。
例如，一号人格重在完美，本质是“外界对其进行全方位评价时难以挑剔”。而如果他成长的环境是对他的要求是“志当存高远”+“成大事者不拘小节”，他的习惯就会很明显地凸显第三型特质，而第一型的注重细节追求完美的特质在测试中和甚至是平时的行为难以观察到。
（2）、MBTI难在，习惯除了收性格影响之外，也受主流意识的影响。
例如，本性中倾向于通过内省，自主思考/感受的人，因为外界对其有“外向、开朗”的要求，并进一步地在他成长过程中向他展示外向性格的优势，他仍会倾向于通过内省来认知世界，但也会开始有测试题中常提及的“喜欢待到聚会最后”、“喜欢到人多的地方”等行为。但他并不会习惯将重大问题的解决依赖于他人的思想，而是信赖自己的分析/感受；也不会有“先做再说”的对外界的连续尝试的行动习惯、而是追求稳扎稳打一击即中。
另外，MBTI中第二维度的N与第四维度的P在行为上有相似之处，难以界定，有时候测试者会因为自己的“N表现”而在测试中对“P答案”表示Yes。这都是因为MBTI试图通过浅层的习惯界定深层的心理。
B、信度效度
不太清楚这个标准的意思，暂且界定为分析结论的可信度和建议的有效性，错了请在追问提及矫正。
九型人格：
如果能从一个人的价值观（最好结合他有印象的经历分析，另外，佛洛伊德的潜意识理论不足取，已被现代神经科学验证为伪科学）入手，确定该人的基本欲望、基本恐惧等条件，在结合测试结果分析，可信度会高一些。否则单纯以九个分数的最高分将人定为某个类型，太过武断。有时，一个人的人格真正所属的，是分数第二或第三高的类型。例如我在A部分提到的情况。
而建议的有效性，最好能结合测试者的实际。例如，一个人如果对IT产品兴趣浓厚，但测试结果属于第二型（暂假定测试结果准确），因而建议他从事医疗、社会工作等，那这个建议真的是读死书的建议。建议测试者从事提供IT解决方案事业中，与用户接洽、客户资源管理等职位，才是切合实际的建议。
MBTI：
判断一个人同时具备多种类型的性格，更符合实际（尤其是中国的氛围，对个性鲜明不提倡，大家对外国的个性鲜明的赞扬，更多地带有一种猎奇和对国内情况的不满）。
和九型人格的效度建议一样，要针对测试者的实际情况。例如，大多对ESFJ型的建议是医疗，但如果对方对IT感兴趣呢？（这是我一个朋友的实际情况）建议往销售方向。
C、附图一张
例1：偏重内省/分析与“知识/知道”的人格第五型，在具备I与T的MBTI类型中跟常见。
例2：偏重外界规章、自身道德原则与理智、分析的ISTJ，在“不可挑剔”第一型和“不带情感地分析”第五型这两方面体现地比较明显。
这幅图有部分地方不够严谨，加之为外国人根据外国习惯总结，因而应该稍加处理。
可再多选几种进行分析。
D、如同开头所说，就九型人格侧重人性本质，侧重人的基本追求和基本恐惧，而MBTI侧重人的表面习惯及显意识。两者结合，通过人性的本质探寻表面习惯的由来，对人的分析将更加透彻。
鉴于你是要论文，估计是要马上获得结果的，所以不建议再看《天资差异》《请理解我》等书籍，上传一份总结过的分析文档，里面罗列很多关于这两种心理分析方式的主流观点，当然，因为多数是外国人的观点，一小部分得根据实际情况做改变。