“三审六部制”的“六部”三省六部是自西汉以后长期发展形成的制度。六部分别的功能是：
1、吏部
吏部为管理文职官员的机关，掌品秩铨选之制，考课黜陟之方，封授策赏之典，定籍终制之法。吏部下设四司﹕明清为文选清吏司、验封司、稽勋司和考功司。文选清吏司掌考文职之品级及开列、考授、拣选、升调、办理月选。
验封司掌封爵、世职、恩荫、难荫、请封、捐封等事务。稽勋司掌文职官员守制、终养、办理官员之出继、入籍、复名复姓等事。考功司掌文职官之处分及议叙，办理京察、大计。类似现在的组织部、纪委等部门。吏部尚书还被称为天官。
2、户部
户部，中国古代官署名，为掌管户籍财经的机关，六部之一，长官为户部尚书，曾称地官、大司徒、计相、大司农等。明清时期户部掌全国疆土、田地 、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司。
3、礼部
礼部掌典礼事务与学校、科举之事。考吉、嘉、军、宾、凶五礼之用；管理全国学校事务及科举考试及藩属和外国之往来事。礼部下设四司，明清皆为﹕仪制清吏司，掌嘉礼、军礼及管理学务、科举考试事；祠祭清吏司，掌吉礼、凶礼事务；主客清吏司，掌宾礼及接待外宾事务。
精膳清吏司，掌筵飨廪饩牲牢事务。四司之外，清设有铸印局，掌铸造皇帝宝印及内外官员印信。会同四译馆，掌接待各藩属、外国贡使及翻译等事。类似现在的教育部、文化部、外交部等部门。
4、兵部
明职掌全国军卫、武官选授、简练之政令。清职掌全国绿营兵籍及武职官员的机构。职掌内外武职官员的除授、封荫之典，乘载、邮传之制，甄核、简练之方，士籍、军实之数。兵部下设四司﹕武选清吏司、车驾清吏司，方清吏司，武库清吏司。
5、刑部
刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，与督察院管稽察、大理寺掌重大案件的最后审理和复核，共为“三法司制”。
6、工部
工部为管理全国工程事务的机关。职掌土木兴建之制，器物利用之式，渠堰疏降之法，陵寝供亿之典。