保险、医疗以及其他代扣款项应该通过其他应付款科目进行核算，在工资支付过程中会计入其他应付款贷方，当实际支付代扣的保险、公积金的时候从借方转出。其中代扣个税必须计入应交税费-应交个人所得税贷方。
支付工资的分录
借：应付工资
贷：其他应付款——养老保险
——失业保险
——医疗保险
——住房公积金
应交税费——应交个人所得税
银行存款
扩展资料：
在会计上设“应付职工薪酬——工资”科目核算企业应付给职工的工资总额。根据国家统计局发布的《关于职工工资总额组成的规定》中说明，工资总额由计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资和特殊情况下支付的工资六部分组成。
发放工资时，财务部门应根据“工资结算汇总表”所列的实发现金金额开出“工资支付专用凭证”向开户银行提取现金。借记“库存现金”科目，贷记“银行存款”科目;用现金支付工资时，借记“应付职工薪酬——工资”科目，贷记“库存现金”科目。
如果由银行代发工资的企业，按实发工资总额开出“银行转账支票”连同“工资分配明细表”一并送交银行时，借记“应付职工薪酬——工资”科目，贷记“银行存款”科目。
参考资料来源：百度百科——代扣代缴
参考资料来源：百度百科——会计分录
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