法律分析：1、可能是系统延迟，社保代缴的时候，就是当月整个月都是有效的，有时候系统延迟，就会造成公司已经扣缴了，但是在网上却查询不到。2、查询工具有误，查询社保缴费记录有各种各样的途径，并不是社保官方的工具，有时候是会出错的。3、已扣缴未备案，还有可能是因为没有在社保局办理备案。可持身份证件到当地的社保局进行查询。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第五十八条 用人单位应当自用工之日起三十日内为其职工向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。未办理社会保险登记的，由社会保险经办机构核定其应当缴纳的社会保险费。自愿参加社会保险的无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，应当向社会保险经办机构申请办理社会保险登记。国家建立全国统一的个人社会保障号码。个人社会保障号码为公民身份号码。