在仓储环节被查获真品卷烟的，根据具体情形不同处罚结论也应当有所不同：
1、如果当事人在其他区域非法购进烟草制品后，将其烟草制品运输回到当地且在其仓库中存放的，其行为已违反《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》（行政法规）第23条第2款规定，构成未在当地烟草专卖批发企业进货的违法行为。依照《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》（行政法规）第56条规定，由烟草专卖局依法对违法行为人可处以进货总额5%以上10%以下的罚款。如果持证人非法经营烟草专卖品数额在5万元以上或者违法所得数额在2万元以上或者非法经营卷烟20万支以上，未被追究刑事责任的，发证机关可以进行责令停业整顿，直至依法取消其从事烟草专卖业务的资格。
2、如果当事人在其他区域非法购进烟草制品后，打算以托运或者自运方式运输回本地，但尚未实施就在仓储环节依法被查获的，其行为已构成未在当地烟草专卖批发企业进货的违法行为。同时，又构成无烟草专卖品准运证运输烟草专卖品的违法行为。这种行为，在行政法律角度上称作“牵连性的行政违法行为”。根据《中华人民共和国行政处罚法处罚法》第29条等法律规定，对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。因此，行政机关按照“择一从重”的原则，应当以无烟草专卖品准运证运输烟草专卖品定性处罚。
注 明：牵连性违法行为是指相对人以实施某一违法为目的，但其手段或结果又构成其他违法形式的情形。
参考资料内容如下：
《中华人民共和国烟草专卖法》（法律）
第二十一条 托运或者自运烟草专卖品必须持有烟草专卖行政主管部门或者烟草专卖行政主管部门授权的机构签发的准运证；无准运证的，承运人不得承运。
第二十九条 无准运证或者超过准运证规定的数量托运或者自运烟草专卖品的，由烟草专卖行政主管部门处以罚款，可以按照查获地省级烟草专卖行政主管部门出具的上年度烟叶平均收购价格的百分之七十收购违法运输的烟叶，按照市场批发价格的百分之七十收购违法运输的除烟叶外的其他烟草专卖品；情节严重的，没收违法运输的烟草专卖品和违法所得。
《中华人民共和国烟草专卖法实施条例》（行政法规）
第二十三条第二款 取得烟草专卖零售许可证的企业或者个人，应当在当地的烟草专卖批发企业进货，并接受烟草专卖许可证发证机关的监督管理。
第五十六条 取得烟草专卖零售许可证的企业或者个人违反本条例第二十三条第二款的规定，未在当地烟草专卖批发企业进货的，由烟草专卖行政主管部门没收违法所得，可处以进货总额5%以上10%以下的罚款。
《中华人民共和国行政处罚法》（法律）
第二十九条 对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。同一个违法行为违反多个法律规范应当给予罚款处罚的，按照罚款数额高的规定处罚。