自家小院打井是不违法的。
在自己家小院打井，只要不影响到邻居的房屋安全，或超出了宅基地范围面积，仅做吃水用，是不违法的，但要作为商业用途，需办理合法的手续。
水资源属于国家所有，即全民所有。农业集体经济组织所有的水塘、水库中的水，属于集体所有。
开采地下水必须在水资源调查评价的基础上，实行统一规划，加强监督管理。也就是说未经许可不得私自开采地下水。
违反水法规定取水、截水、阻水、排水，给他人造成妨碍或者损失的，应当停止侵害，排除妨碍，赔偿损失。
《取水许可和水资源费征收管理条例》第四条 下列情形不需要申请领取取水许可证：
（一）农村集体经济组织及其成员使用本集体经济组织的水塘、水库中的水的；
（二）家庭生活和零星散养、圈养畜禽饮用等少量取水的；
（三）为保障矿井等地下工程施工安全和生产安全必须进行临时应急取（排）水的；
（四）为消除对公共安全或者公共利益的危害临时应急取水的；
（五）为农业抗旱和维护生态与环境必须临时应急取水的。
前款第（二）项规定的少量取水的限额，由省、自治区、直辖市人民政府规定；第（三）项、第（四）项规定的取水，应当及时报县级以上地方人民政府水行政主管部门或者流域管理机构备案；第（五）项规定的取水，应当经县级以上人民政府水行政主管部门或者流域管理机构同意。
第四十七条 县级以上地方人民政府水行政主管部门、流域管理机构或者其他有关部门及其工作人员，有下列行为之一的，由其上级行政机关或者监察机关责令改正；情节严重的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任：
（一）对符合法定条件的取水申请不予受理或者不在法定期限内批准的；
（二）对不符合法定条件的申请人签发取水申请批准文件或者发放取水许可证的；
（三）违反审批权限签发取水申请批准文件或者发放取水许可证的；
（四）不按照规定征收水资源费，或者对不符合缓缴条件而批准缓缴水资源费的；
（五）侵占、截留、挪用水资源费的；
（六）不履行监督职责，发现违法行为不予查处的；
（七）其他滥用职权、玩忽职守、徇私舞弊的行为。
前款第（五）项规定的被侵占、截留、挪用的水资源费，应当依法予以追缴。
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