1、作用不同
各个国家都根据其经济特点和管理需要，明确会计年度的起止日期。有的国家还设立多个会计年度供单位选择使用。
我国《会计法》第十一条规定：“会计年度自公历1月1日起至12月31日止。”我国会计年度采用公历制，这是为了与我国的财政、税务、计划、统计等年度保持一致，从而便于国家宏观经济管理。
而自然年大部分银行的贷款利率，都是以调息日的下一个自然年开始计算的，在调息日当年的12月31日前依然是以之前的利率计算。使部分银行推出的固定利率贷款，不受降息影响，如果合同中对利息计算有特别规定，依据合同执行。
2、计算方法不同
自然年：1月1日至12月31日。假如签约日期是3月1日，那自然年就是指到当年的12月31日结束。会计年：则是指从签约当天起向后顺延12个月。如签约日期是2010年3月1日，那就是到2011年2月28日止为一个会计年。
3、应用领域不同
自然年的概念主要应用在合同、保险等方面。例如，大部分城市的个税自行申报规定中，个人收入的计算年度就是以一个自然年为单位，也叫纳税年度。
具有明显季节性特点的行业或企业可以选择将营业年度作为会计年度。如制糖业、纺织业企业可以把6月30日作为会计年度结束期。因为这时其生产、销售旺季已过，业务处于清闲时期，存货和销售等处于各月的最低点。
采用营业年度作为会计年度，有利于以较低的成本编制更为准确的报表，有利于审计机构和财政信贷部门工作的开展，有利于信息使用者做出正确的判断和决策
4、性质不同
会计年度是以年度为单位进行会计核算的时间区间，是反映单位财务状况、核算经营成果的时间界限，《会计法》规定，一般会计年度自公历1月1日起至12月31日止，但是为了企业核算和经营管理的需要，也可以自行安排会计年度，这点跟公元年度还是有些不一致，会计年度还是还要灵活一些。
会计年度弊端
1、工作堆积，统一会计年度使年底各项工作堆积，导致会计工作的分配极不均衡。
2、不利于资本市场发展，统一会计年度不利于资本市场的发展。
3、不利于跨国公司的会计处理，统一会计年度不利于跨国公司的会计处理。
4、不利于会计核算与报告，统一会计年度不利于某些特殊行业和企业的会计核算与报告。