一、性质不同
1、病原体：是可造成人或动植物感染疾病的微生物（包括细菌、病毒、立克次氏体、真菌）、寄生虫或其他媒介（微生物重组体包括杂交体或突变体）。
2、抗原：是能引起抗体生成的物质。
二、分布特点不同
1、病原体：病原体属于寄生性生物，所寄生的自然宿主为动植物和人。能感染人的微生物超过400种，广泛存在于人的口、鼻、咽、消化道、泌尿生殖道以及皮肤中。
2、抗原：异种抗原：病原微生物、类毒素等不同种族之间的抗原；同种异型抗原：存在于同一种族不同个体之间的抗原，如HLA，ABO血型抗原，Rh抗原,MHC等；自身抗原：自身成分，分为隐蔽的自身抗原、改变的自身抗原等，如眼晶状体蛋白等。
扩展资料：
抗原在化学结构上与机体自身不同，具有异物性：
1、异种物质。从生物进化过程来看，异种动物间的血缘关系越远，则免疫原性越强。如马的血清和各种微生物与人的血缘关系远，所以免疫原性强。而马的血清与驴、骡的血缘关系近，所以免疫原性相对就弱。
2、同种异体物质。如人的红细胞抗原物质和人的白细胞抗原等。
、自身物质。自身物质一般不具免疫原性。有些物质如隐蔽的自身成分（眼晶体蛋白、精子等），在正常情况下与免疫系统是隔绝的。但是一旦屏障遭到破坏，这些物质进入血流，即可与免疫活性细胞接触而成为自身抗原异物。
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