我国行政事业单位预算管理中存在的主要问题：
一、预算管理意识薄弱，组织机构设置简单；人员配备不足，缺乏对预算工作重要性的认识：
首先，由于一直以来受传统观念的影响，事业单位的预算体制仍然没有完全摆脱“前预算时代”，离现代公共预算尚有相当差距。特别是“长官意志”、非制度化、非公开化和公共责任的缺失等问题依然突出。一些部门和单位对部门预算的认识和重视程度不够，缺乏“先有预算、后有支出，没有预算、不得支出”和“安排打酱油的钱不能用于买盐”的预算管理理念，预算约束观念淡薄。导致财政资金使用效率低下。这一问题在事业单位中是普遍存在的问题，制约着单位预算工作质量的提高。产生这一问题的原因，主要是由于领导对于预算管理的重要性缺乏认识，单位的预算机构形同虚设，只是空有其表，单位在实际进行日常收支活动时，根本不按照编制的预算执行。传统的预算通常采用基数加因素调整的方法，部门经费完全由基期的相关数据决定，而不是根据部门项目情况，人员配备情况来进行合理的安排，这样做只能使“贫富差距”加大，不能适应部门的发展需要。
其次，事业单位预算管理部门在编制预算时，存在不科学和不切实际的问题，简单地为获取预算结果而编制预算，而对于预算执行情况的关注却较少，使得预算编制部门难以调动各个职能部门积极参与预算，更没有条件对预算项目进行必要的调研、论证。这样的预算往往与实际有很大差异，使预算管理失去了应有的作用。
二、预算编制时间短,方法简单；预算编制准备不充分：
首先,预算编制时间短,准备不足。行政事业单位的预算管理是一个系统工程,而预算编制作为整个预算管理的起点,是其中最重要的一个环节,需要各部门和人员的积极参与,广泛地进行调研论证,接受多方面的监督,应该具有必要的严谨性和权威性。然而,目前行政事业单位预算编制基本上是由财务部门负责,编制时间不足2个月,时间紧,工作量大,财务人员无法调动各部门的参与积极性,对编制预算缺乏必要的调查研究和认证,闭门造车,编制的预算比较笼统,预算质量不高。
其次,预算编制方法简单,质量粗糙。尽管零基预算法编制预算已推行多年,即取消往年的基数,按照预算年度所有因素和事项的轻重缓急程度,结合财力可能,重新测算安排本单位和部门的预算。但是从目前的实际情况来看,零基预算仍难以落到实处。很多行政事业单位还习惯于“上年基数+本年调整”的老方法,不以单位或部门的实际情况为基础来确定安排预算,凭既往经验和主观理解来进行编制,结果与实际情况相差甚远,难以将预算分解到各部门执行,导致执行过程中经常出现调工作交流整、追加预算的现象,影响预算执行必要的刚性。
再次，财务收支预算是单位综合预算中的一个部分，它以单位总体目标为前提，以经营预算、行政预算、事业预算为依据，牵涉的部门多，时间跨度长。因此，在编制财务预算时应由相关部门组成预算编制小组，充分考虑宏观环境、现实任务等因素，分析预算实现的可能性和难度。但是目前编制财务预算通常仅仅就一个财务部门的工作，编制时间也不足两个月。这样，无法充分调动各职能部门积极参与预算，也无足够的时间对预算项目进行必要的调研，这样的预算只能依据上年数据编制，往往与实际相距甚远。
三、预算执行不力,随意现象严重：
首先,由于考核意识不强、考核指标不明确等原因,行政事业单位的预算项目结束之后,普遍缺乏对预算执行情况的科学分析、控制、考核和评价,资金投向是否正确、资金使用效益如何、有无超预算支出等等问题得不到足够重视,对下一期预算的编制、执行没有指导作用和参考价值,弱化了预算应有的职能。
其次,由于很多单位未实行预算执行的激励机制和责任追究机制,没有将预算执行情况与员工的绩效挂钩,预算执行缺乏应有的约束力,预算执行过程中随意改变资金用途,资金使用效益降低,浪费现象严重。虽然有些单位也具备相应的考核体系,但缺乏科学性与规范性,大多只是走走形式,对预算执行未能形成真正的约束力。
再次，对资金的管理。一是职工借用公款没有及时催收形成呆账;二是对有偿资金不及时清算形成坏账。年终清理结算和财务结账。一是会计部门和财产管理部门没有按有关规定，对各项物资进行清理盘点，致使盘盈、盘亏资产不能及时查明原因，按规定做出处理，调整财务，从而导致账实不符。二是没有按规定进行年终结账。检查中发现部分单位没有按新财务制度的规定，将收入支出账户的余额全部转入"结余"账户，而是仍沿用旧的账务处理方法，将本年度结余虚列支出转入存款，造成本年度内收支不实。
四、缺乏行之有效的监督机制,控制体系不健全：
从目前的实践情况来看,部分行政事业单位对预算管理还缺乏行之有效的监督管理机制。没有一套完整、有效的组织体系支持全面预算的实施。支出预算分配模式及管理体制仍停留在粗放型水平，管理体制尚未理顺，由此在支出管理上与监督考核方面缺乏强有力的控制与行之有效的约束机制和激励机制。同时经费使用的社会效益如何，也缺乏系统考核机制，从而增加了经费使用的随意性。
首先,行政事业单位内部缺乏预算管理的监督管理机构,对预算进行全过程、全方位的监管。虽然有些单位也设立了相应部门,但其对于整个预算过程的检查频率和深度不能与行政事业单位预算管理的要求相适应,而且检查方式多为专项检查,头痛医头,脚痛医脚,缺乏系统、动态、连续的监督管理,使得监管效果大大下降。
其次,由于行政事业单位在国民经济中的特殊性,需要接受各方的监督和评价,保证其预算管理的公开公正,检验预算有无真正落到实处,防止滋生腐败。然而,目前对行政事业单位预算的管理情况还缺乏相应的外部监督评价机制。另外,即使接受了外界的意见,也不能在第一时间及时调查处理,并及时反馈,处理机制不够健全。
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