（1）申请。
① 申请人登陆www.ofcc.org.cn下载填写《有机食品认证申请书》和《有机食品认证调查表》，下载《有机食品认证书面资料清单》并按要求准备相关材料。
② 申请人提交《有机食品认证申请书》、《有机食品认证调查表》以及《有机食品认证书面资料清单》要求的文件，提出正式申请。
③ 申请人按《有机产品》国家标准第四部分的要求，建立本企业的质量管理体系、质量保证体系的技术措施和质量信息追踪及处理体系。
（2）文件审核。
① 认证中心对申报材料进行合同评审和文件审核。
② 审核合格后，认证中心根据项目特点，依据认证收费细则，估算认证费用，向企业寄发《受理通知书》、《有机食品认证检查合同》（简称《检查合同》）。
③ 若审核不合格，认证中心通知申请人且当年不再受理其申请。
④ 申请人确认《受理通知书》后，与认证中心签订《检查合同》。
⑤ 根据《检查合同》的要求，申请人交纳相关费用，以保证认证前期工作的正常开展。
（3）实地检查。
① 企业寄回《检查合同》及缴纳相关费用后，认证中心派出有资质的检查员。
② 检查员应从认证中心取得申请人相关资料，依据《有机产品认证实施规则》的要求，对申请人的质量管理体系、生产过程控制、追踪体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估。
③ 必要时，检查员需对土壤、产品抽样，由申请人将样品送指定的质检机构检测。
（4）撰写检查报告。
检查员完成检查后，在规定时间内，按认证中心要求编写检查报告，并提交给认证中心。
（5）综合审查评估意见。
认证中心根据申请人提供的申请表、调查表等相关材料以及检查员的检查报告和样品检验报告等进行综合评审，评审报告提交颁证委员会。
（6）颁证决定。
颁证委员会对申请人的基本情况调查表、检查员的检查报告和认证中心的评估意见等材料进行全面审查，做出同意颁证、有条件颁证、有机转换颁证或拒绝颁证的决定。证书有效期为一年。
当申请项目较为复杂（如养殖、渔业、加工等项目）时，或在一段时间内（如6个月），召开技术委员会工作会议，对相应项目作出认证决定。
① 同意颁证。申请内容完全符合有机标准，颁发有机证书。
② 有条件颁证。申请内容基本符合有机食品标准，但某些方面尚需改进，在申请人书面承诺按要求进行改进以后，亦可颁发有机证书。
③ 有机转换颁证。申请人的基地进入转换期一年以上，并继续实施有机转换计划，颁发有机转换证书。从有机转换基地收获的产品，按照有机方式加工，可作为有机转换产品，即“有机转换产品”销售。
④ 拒绝颁证。申请内容达不到有机标准要求，颁证委员会拒绝颁证，并说明理由。
（7）颁证决定签发。
颁证委员会做出颁证决定后，中心主任授权颁证委员会秘书处（认证二部）根据颁证委员会做出的结论在颁证报告上使用签名章，签发颁证决定。
（8）有机食品标志的使用。
根据证书和《有机食（产）品标志使用章程》的要求，签订《有机食（产）品标志使用许可合同》，并办理有机/有机转换标志的使用手续。
（9）保持认证。
① 有机食品认证证书有效期为1年，在新的年度里，COFCC会向获证企业发出《保持认证通知》。
② 获证企业在收到《保持认证通知》后，应按照要求提交认证材料、与联系人沟通确定实地检查时间并及时缴纳相关费用。
③ 保持认证的文件审核、实地检查、综合评审、颁证决定的程序同初次认证。
有机食品是指来自于有机农业生产体系，根据国际有机农业生产要求和相应的标准生产加工的、并通过独立的有机食品认证机构认证的一切农副产品，包括粮食、蔬菜、水果、奶制品、禽畜产品、水产品、调料等。
有机食品生产的基本要求：
生产基地在三年内未使用过农药、化肥等违禁物质；
种子或种苗来自自然界，未经基因工程技术改造过；
生产单位需建立长期的土地培肥、植保、作物轮作和畜禽养殖计划；
生产基地无水土流失及其他环境问题；
作物在收获、清洁、干燥、贮存和运输过程中未受化学物质的污染；
从常规种植向有机种植转换需两年以上转换期，新垦荒地例外；
生产全过程必须有完整的记录档案。
有机食品加工的基本要求：
原料必须是自己获得有机颁证的产品或野生无污染的天然产品；
已获得有机认证的原料在终产品中所占的比例不得少于 95%；
只使用天然的调料、色素和香料等辅助原料，不用人工合成的添加剂；
有机食品在生产、加工、贮存和运输过程中应避免化学物质的污染；
加工过程必须有完整的档案记录，包括相应的票据。 在许多情况下，在开始转换之初可能会出现减产，特别是原来严重依赖化肥与农药的地区。但是，在那些原来对农药、化肥使用较少的地区，有机种植就可能不会减产，相反，还可能增产。原因是：
1、通过轮作、间作和各样种植，农业生产系统的多样性得到改善；
2、通过利用作物秸秆还田(或制作堆肥以后还田)，促进了农田养分循环；
3、较好地利用了周围生态系统的有机物质；
4、将养殖业和种植业结合起来，改善了养分的管理水平。
有机食品不许使用化学农药 据中国农业大学食品学院营养与食品安全系副教授范志红介绍，有机食品是不许可使用化学合成农药的。
有机农产品在生产过程中，对各方面都有严格规定，首先，有机食品的种植或养殖过程中，是绝不能使用化肥、激素及转基因等物质的。种植有机农产品的土地、其灌溉用水、环境空气质量均需要符合相关规定。
有机食品严限添加剂种类和用量 有机农作物的肥料一般采用有机农业体系内动物的粪便或作物废弃物，以及未受化学成分污染的废弃物进行堆肥来增添土壤肥力，也会添加物理法获得的矿物质，如磷、钾、镁等元素。
有机农业一般采取非化学方法防虫，比如薄荷、天然除虫菊（提取液）等天然驱虫剂，或石灰、硫磺等天然防虫物质，以及如苏云金杆菌等细菌、真菌防虫制剂。 我国有关部门在推行的其他标志食品还有无公害食品和绿色食品。无公害食品是按照无公害食品生产技术标准和要求生产的符合通用卫生标准并经有关部门认定的安全食品。严格来讲，无公害食品应当是普通食品都应当达到的一种基本要求。
绿色食品是我国农业部门在九十年代初发展的一种食品，分为A级绿色食品和AA级绿色食品。其中，A级绿色食品生产中允许限量使用化学合成生产资料，AA级绿色食品则较为严格地要求在生产过程中不使用化学合成的肥料、农药、饲料添加剂、食品添加剂和其它有害于环境和健康的物质。从本质上来讲，绿色食品是从普通食品向有机食品发展的一种过渡产品。有机食品与其他食品的区别体现在如下几方面：
1） 是有机食品在其生产加工过程中绝对禁止使用农药、化肥、激素等人工合成物质，并且不允许使用基因工程技术；而其他食品则允许有限使用这些技术，且不禁止基因工程技术的使用。如绿色食品对基因工程和辐射技术的使用就未作规定。
2） 是生产转型方面，从生产其他食品到有机食品需要2－3年的转换期，而生产其他食品（包括绿色食品和无公害食品）没有转换期的要求。
3） 是数量控制方面，有机食品的认证要求定地块、定产量，而其他食品没有如此严格的要求。
因此，生产有机食品要比生产其他食品难得多，需要建立全新的生产体系和监控体系，采用相应的病虫害防治、地力保护、种子培育、产品加工和储存等替代技术。
