手动挡换挡顿挫有响声的原因可能有以下几点：
1. 变速箱曲轴生锈，导致离合器从动盘无法正常运动，回位不良，从而使挡位无法按照正常的轨迹进挡。
2. 离合器故障，分离行程不够，离合器分离不彻底，无法正常入挡。
3. 离合器方的挡位自锁力过大，造成进出挡困难，建议去修理店调节离合拉线和挡位止锁。
4. 离合器压盘总成的传动片变形，导致分离不良，需要更换与原车匹配的质量好的压盘。
手动挡换挡顿挫有响声可能是因为以上原因，需要检查和维修相应部件。如果您的车辆出现这种情况，建议尽快到专业的修理店进行检查和维修，以确保行车安全和正常使用。同时，也建议定期保养和维护车辆，避免出现故障。