南水北调中线工程关系国计民生，能有效地缓解北方缺水，改善生态环境，支撑经济和社会的可持续发展，其影响深远。调水源头丹江口水库及其汇水支流丹江和老灌河流域的自然生态环境及保护状况将直接影响调水水质和京、津、冀、豫用水地的经济发展和人民群众的生活，因此保护丹江口水库及其汇水河流上游地区的生态环境，采取积极有效的对策措施，防治各污染源的生产，充分发挥南水北调中线工程的经济、社会和生态效益乃是一项非常必要和重要的工作。水源区的生态环境问题主要是水土流失严重; 面源污染和城镇生活污水和生活垃圾已成为影响水源地水质的主要污染源; 水源区矿山企业的无序开采，诱发了一系列地质灾害的发生，导致了水土环境的污染; 水源区的森林覆盖率(50.8% )尽管高于全市 (30.9% )的平均水平，但库区周边地区植被多为中幼、中龄林和低效林，植被覆盖率低，水源涵养能力差，生态环境较为脆弱; 水源区内人口稠密(166 人/km2)，耕地资源匮乏，人地矛盾尖锐，当地农民为了生存被迫开荒种地，导致森林资源的破坏和减少，加剧了生态环境的恶化。水源质量是南水北调中线工程的关键，加强丹江口水库水源区的生态环境保护和建设工作，是确保优质水进京、津、冀、豫等地区的基本前提。这就需要积极稳妥推进水源区农业结构调整，实行退耕还林还草工程，加强水源区水土流失治理工作，推行科学施肥施药技术，减少化肥农药地膜污染，加大环境基础设施建设投入，对农村废弃物实施资源化开发利用，加强矿业开发秩序的治理整顿，改善水源区矿山环境，积极培育和保护水源区森林资源，提高森林植被的水源涵养功能，加强水源区生物多样性的保护。从而使水源区的生态环境走上良性循环的趋势，保障水源地水质满足南水北调中线调水工程的要求。
6.1.1 控制水土流失与面源污染
6.1.1.1 水土流失的控制与治理
水土流失是水源区的主要生态环境问题。近年来，水源区各县 (市)以山区资源开发为主的特色农业迅速发展，加剧了对森林资源的消耗量，形成了中幼林占绝对优势，使得森林的蓄水保土功能大大减弱。在发展林果药基地的过程中，仍有不采取任何水土保持措施的陡坡开荒、顺坡耕作的现象，导致新的水土流失发生。水源区作为水土保持重点防治地区，其水土保持工作的好坏关系到整个南水北调中线工程的成败。
(1)按不同类型区施予不同水保措施: 对水源区内轻度、中度和强度水土流失区3369 km2的土地面积实施重点治理，对微度和无明显流失区采取监督和预防保护措施，防止产生新的水土流失。同时开发建设有区域特色的经济林基地，发展龙须草等优良水土保持草种，扩大种植面积并积极推行保土耕作技术，形成工程措施和生物措施相结合的立体生态防护体系，使水源区生态环境全面实现可持续发展。
(2)有计划地实施重点项目: 在丹江口库区及上游项目区实施水土保持工程的同时，有计划地实施以电代柴电站工程、以气代柴工程和河道整治工程等重点项目工程。
6.1.1.2 控制面源污染
根据水源区面源污染的实际情况和发展趋势，其控制和治理的指导思想应是以保护水源地生态环境、为南水北调提供优质水源为中心，以面源污染治理项目为重点，以配套服务设施为手段，大力发展生态农业、无公害农业、有机农业，合理开发利用资源，提高农产品质量，实现水源地经济发展与人口资源环境相协调，经济、生态、社会效益相统一。
(1)合理使用农药、化肥，防止流失和污染: 大力发展有机农业和生态农业，提高化肥利用率、推广测土施肥技术，均衡施肥，坚持施化肥少量多次，深施限量。减少可能造成土壤板结硬化肥料的施用量、增加使用新型、高效、缓释固土的化肥，减少化肥流失率。改变种植结构、以种植少量使用氮磷肥的作物取代大量使用氨肥磷肥作物的品种。
(2)提高土壤自我净化能力，控制地膜污染: 提高土壤有机质含量，改良土壤物理性质，增加和改良土壤胶体的种类和数量、增加土壤对污染物的吸附能力和吸附量，改善土壤的氧化还原条件，使污染物易于降解或向减少毒性方向转化，从而减少污染物在土壤中的活性，提高土壤微生物的活力，提高对污染物的降解能力; 加强废弃地膜的回收，推广应用可降解农膜、推广草覆盖技术等，从而减少农膜使用量。
(3)对农村废弃物实施资源化开发利用: 大力推广农村沼气和秸秆汽化工程建设，对农村废弃物、污染物进行综合开发利用。采取有效措施，降低人畜粪便、污水、氮、磷及 COD 等物质的含量，达到安全排放标准。
6.1.2 森林资源的培育、保护与可持续利用
在林业资源保护方面，应继续大力植树造林，提高森林覆盖率; 采取有力措施，维持森林多种生态功能持久的发挥作用; 继续加强林木资源的培养和用材林基地的建设，提高森林资源的数量和质量，增加用材林蓄积量; 运用法律、经济等手段制止对林业资源的乱砍滥伐，防治病虫害，切实保护林业资源; 大力推进农村能源体制改革，保护植被，改变农村能源结构; 合理开发利用林业资源，发展林业生态旅游，促进林业建设的良性循环等。通过这些措施，培养和保护林业资源，切实推进林业资源的可持续利用。
6.1.3 矿产资源的合理开发与保护
矿产资源的合理开发与保护要以保护矿产资源和矿区生态环境为目标，开展矿产资源开发对地质环境和地表生态环境影响的现状调查与评价; 要明确产权关系，建立矿产资源的资产化管理制度，有效抑制对矿产的乱挖滥采，实现矿产资源的合理开发利用; 要建立矿产资源核算制度及有偿占用开采制度，促进矿产资源的可持续利用; 要制定并实施矿产资源开发生态环境补偿收费制度，复垦保证金政策，减少矿产资源开发的环境代价。