这两个医院都是独立的,相互间不存在隶属关系.
北京儿童医院
1942年，我国现代儿科医学奠基人诸福棠教授创建了北京儿童医院前身――北平私立儿童医院。
北京儿童医院是全国最大、各科专业齐全的儿科性医院。医院在小儿肛肠手术、总胆管手术、脊柱侧弯手术、肢体延长手术和小儿急性淋巴细胞性白血病、糖尿病、急救等治疗上达到国际水平；小儿肺炎、腹泻、肾病、五官科疾病的治疗，中医治疗婴幼儿黄疽、小儿呼吸道疾病及新生儿ABO溶血等居国内先进水平。
http://www.gcancer.com/bbs/redirect.php?tid=642&goto=lastpost首都儿科研究所的前身是中国医学科学院儿科研究所，成立于1958年，是新中国第一家以研究儿童保健、儿科疾病为重点，兼有医疗、教学和预防任务的应用医学研究机构。1983年归属北京市卫生局并在中国医学科学院肿瘤医院旧址上组建附属儿童医院，1986年附属儿童医院正式开院。全所现有员工830余人，其中专业技术人员占87%，高级专业技术职务110余人。所内有国家级和市级突出贡献专家6人。
http://www.quanso.net/ztl/www/shouer/应该说两个医院各有所长.在医院级别上是平等一样的.