儒家士人把书院看成独立研究学问的安身立命之所。书院从萌芽之日起，就和士人“独善其身”的生活道路联系在一起。创建的目的之一是为了超世脱俗的精神追求，体现了儒家人文精神的超越性。因此，书院创建者总是把书院建在僻静优美的名胜之地。白鹿洞书院在江西庐山五老峰下，岳麓书院在湖南长沙岳麓山下，嵩阳书院在河南嵩山脚下，石鼓书院在湖南衡阳石鼓山回雁峰下。书院既不同于作为一种统治象征的盤据城中的学宫，也有别于一般民间建筑。它映衬自然，构成了一独立整体，成为地方风景环境的一个重要组成部分。
书院建筑多为一组较为庞大严谨规整的建筑群，但由于重视地形的利用，多依山而建，前卑后高，层层叠进，错落有致；加以庭院绿化，林木遮掩，以及亭阁点缀，山墻起伏，飞檐翘角，构成生动景象，与自然景色取得有机结合，因而收到“骨色相和，神彩互发”之效。书院建筑虽较封闭，而环境的开拓则十分开敞，两者相互映发，构成有机联系，反映了书院教育的特点，成为沟通天人关系的一种显现。儒家士大夫们在其中把置身宁静闲适的大自然、寄情山水作为自己的生活理想，自然恬淡的心境和宁静幽美的山水悠然合一，也体现了儒家之道的超越性的一面。
书院严谨的建筑群体，是社会群体意识的表现，反映了“礼乐相成”的思想。一般而言，每一所书院都有包括讲堂、斋舍、书楼、祠堂在内的建筑群。这个建筑群从每个殿堂厅房所居的位置、装饰到总体格局都遵循纲常礼教的严谨秩序，使书院师生置身于一种浓厚的政治伦常的观念和秩序之中。这一切，正是儒家之道的世俗性的一面。
书院建筑以讲堂为中心，中轴对称，庭院天井组合，布局严整。中轴一般三、四进，即由大门、讲堂、祭殿和书楼，或两者结合，依次排列，亦有增设二门、文昌阁等建筑，多达五、六进，体现了书院以讲学、藏书、供祀的“三大事业”的主体地位。斋舍则对称分列于中轴两侧，或前或后，各成院落，以满足居学读书的需要，少则数间，多则数十、百间。其它厨湢仓廒、亭台楼阁，则因院因地有别，相应配置，不拘一格。
书院建筑群力求中轴对称的理想布局，以居中为尊；通过轴线层次序列，以别尊卑、上下、主次、内外，达到由序达敬的目的；又通过不同特点的庭院天井的空间组合，达到以和至亲的目的；以此形成一个序中有和，和中有序，和序统一的整体。
然而，书院建筑的朴实造型又在很大程度上反映著古代中国知识分子的清高风骨和实际社会地位的低下。
古代文人都有反对土木之奢，提倡俭朴之风，强调社会实用功能的美学思想。因而，书院不同于官学建筑强调表现那种所谓“贤关”、“圣域”、“官员下马”的神圣气氛，而更多吸取了民间地方建筑特点，更为朴实庄重，典雅大方。一般以砖木结构为主，构架以穿斗与抬梁结合，硬山搁檩，砌上明造，简洁清新，突出封火山墻，起伏连续，形成具有节秦变化的轮廓线；一般单层为主，晚期亦多两层，密集组合，突出个别歇山楼阁，形成紧凑的整体造型；装修装饰较少雕饰彩绘，点缀素雅，比较讲求表现材质、色调和体量、虚实的对比效果，显示其朴实自然之美，突出反映了文人的建筑观点。
书院建筑的朴实美，还反映在忠实于材料结构的表现，而不追求雕饰之华。书院外部显露其清水山墻，灰白相间，虚实对比，格外清新明快；内部显露其清水构架，装修简洁，更显素雅大方。远观其势，近取其质。既无官式画栋雕梁之华，也少民间堆塑造作之俗，给人自然淡雅的感受。
中国书院，留在了历史的记忆中；曾经遍布在九州大地上的书院建筑，也只给我们一个渐行渐远的儒雅身影。无数书院在历朝历代的更替中成为废墟。但在尚存的瓦砾间，我们依稀看到了书院曾经的辉煌气势。
位于河南登封嵩山南麓的嵩阳书院建于五代后周。北宋时，因理学大师程颢、程颐在此聚众讲学，使书院名声大振，时与河南的雎阳书院、湖南的岳麓书院、江西的白鹿洞书院并称为宋代四大书院。但南宋时书院已废，后在清康熙年间重建。今存建筑基本保持了清代建筑的制式、布局，南北长128米，东西宽78米，占地面积9984平方米。中轴建筑共分五进院落，由南向北依次为大门，先圣殿，讲堂，道统祠和藏书楼，中轴线两侧配房相连，共有古建筑106间，多为硬山滚脊灰筒瓦房，古朴大方，雅致不俗。其实，嵩阳书院在古代并不是单纯的一个院落，而是由一个主体院落和周围多个单体建筑群组合而成，地域分布比较广阔。大至而言，除今天我们看到的嵩阳书院建筑外，比较有名的还有位于嵩阳书院东北逍遥谷叠石溪中的天光云影亭、观澜亭、川上亭和位于太室山虎头峰西麓的嵩阳书院别墅——君子亭，书院西北玉柱峰下七星岭三公石南的仁智亭等建筑。由于自然和人为的破坏，散布在嵩阳书院周围的这些建筑已全部损毁殆尽，今天在原址只遗留有少量的石刻题记或残砖碎瓦，与历史文献的记载相互印证。
如今，最为完整保存著书院建筑格局的是位于湖南省长沙市岳麓山下的岳麓书院。创办于唐末五代的岳麓书院经历宋、元、明、清各代，1926年正式定名为湖南大学至今，沧桑千年，弦歌不绝。现存建筑大部分为明清遗物，仍完整地展现了古代书院建筑气势恢宏的壮阔景象，渲染了闲情逸致的士人风格。
岳麓书院以讲堂为中心，中轴对称，教学斋、半学斋分列两侧，前后四进，每进建筑均有数级台阶缓缓升高，层层叠进，给人一种深邃、幽远、威严、庄重的感觉，体现了儒家文化尊卑有序、等级有别的社会伦理关系。御书楼位于中轴末端，是书院惟一的三层楼阁建筑，显示书楼在书院的重要地位。北侧有专祠五处，供祀名儒先贤，反映它在学术上的师承关系和道统源流。院侧有文庙与书院平行，自成院落，既保持了书院中轴的突出群体，不致使文庙喧宾夺主，又表现出文庙“圣域”的独立特殊地位。各部分建筑互相连接，互为整体，完整体现了我国古代书院讲学、藏书、供祀三大功能的格局。
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