幕府末年倒幕派军队的主力是日本西南部的萨摩藩和长州藩的部队。
长州藩早就进行了军事改革,废除了以往作为藩兵基本编制的八组,建立了一支以奇兵队、集义队、游击队、膺惩队等诸队为主力的新军。奇兵队是高杉晋作以“聚集有志者,不论藩士、陪臣和轻卒,都同等对待”为口号建立的“平民军队”。市医出生熟谙西方近代军事知识的大村益次郎为了加强部队的战斗力,还积极进行了军事武器装备方面的改革,把落后的火绳枪等旧式武器卖掉,从长崎的英商那里买到法国造米涅步枪四千三百支,荷兰造盖贝尔步枪三千支。1866年,萨摩藩模仿英国编制,组建了以小铳队、城下队和外城队为主力的新军。
和长州军一样,萨摩军也装备了从西方进口的新式枪炮。早在1851年,萨摩藩就建造了〔集成馆〕进一步强化萨摩的近代化。集成馆中包括以下产业:冶铁反射炉、熔矿炉、钻孔盘(给大炮开穴用的器械)、玻璃工厂、锻造厂、蒸汽机关制造所、金属细加工所、造币所、造船所、纺织工厂等等。
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