依据《机动车驾驶证申领和使用规定》(第六十五条)，道路交通安全违法行为的记分周期固定为12个月，满分设为12分，自初次领取机动车驾驶证之日起开始计算。这就意味着，单个违章行为不能被分两次扣分，而是会累加。多个违章行为则分别计算，总分不超12分。
从法律的角度解读，理论上，如果一次性累积的违章导致记分超过12分，是可以选择分多次处理的。这主要取决于处理方式和记分周期的规定。
在实际操作中，违章处理是可以分批进行的，只要不是一次性的单个违章，均可以分开扣分。记分周期以12个月为一个循环，每当机动车驾驶证初次领取的日期为起始点，这个过程会不断延续。
总结来说，违章扣分是可以分多次的，只要这些违章行为发生在同一记分周期内，且各自分计算，累计分值不超过12分。如果一次性扣分超过这个限制，也可以根据相关规定分次处理。但关键在于理解和遵守交通法规，避免累积过多的违章记录。