依据海坛岛及其附属岛屿的自然地理特点，从有利于深化两岸经贸交流、承接台湾产业转移、促进两岸科技文化教育合作出发，统筹规划、科学安排平潭综合实验区的开发建设布局。
一、海坛岛。海坛岛是平潭综合实验区的核心区域。要通过组团推进、分时序开发，逐步构建分工合理、功能互补、协调发展的空间开发格局。
中心商务区，位于海坛岛东中部，主要包括潭城组团（现有城区）、岚城组团、竹屿组团等，重点布局发展两岸合作的高端商务、金融保险、行政办公、高尚居住及旅游服务设施，抓紧完善现有城区及中部新区市政基础设施，着力提升中心城区整体功能，打造布局合理、生态宜居、充满活力的中部核心区。
港口经贸区，位于海坛岛西南部和东部，主要包括金井湾组团、吉钓港组团和澳前组团等，重点发展保税加工、保税物流、货运代理、转口贸易及港口物流业，建设商贸、海产品加工及台湾农产品交易中心。
高新技术产业区，位于海坛岛北部的中原组团，重点布局发展电子信息、新材料、新能源等战略性新兴产业，推广应用低碳技术，努力建设成为两岸高新技术产业基地和低碳科技应用示范基地。
科技研发区，位于海坛岛西北部的幸福洋组团，主要发展研发设计，开展两岸产学研紧密合作，建设两岸合作的产业技术研发及应用基地；探索建立两岸合作的集智能交通、智能生活、智能建筑等为一体的智能化示范新城区。
文化教育区，位于海坛岛中北部的平洋组团及周边地区，规划建设两岸教育合作园区，促进大陆知名高校与台湾相关高校的紧密合作；布局建设文化创意产业园、动漫游戏城，促进两岸设计、广告、传媒等文化创意产业及动漫产业合作，努力建成两岸高等教育、职业技术教育和文化创意产业合作示范基地。
旅游休闲区，主要位于海坛岛东南部的坛南湾组团及邻近岛礁，充分发挥天然海滨沙滩、海蚀地貌等独特海岛旅游资源优势，加强海峡两岸旅游合作，积极发展海上运动、养生保健等旅游休闲产业，加快滨海度假酒店及配套服务设施建设，逐步建成国际知名的观光旅游休闲度假区。
二、附属岛屿。屿头岛、大（小）练岛、东（小）庠岛、塘屿岛、草屿岛等附属岛屿，是平潭综合实验区的重要组成部分，要在充分论证的基础上，选择若干个适合开发的岛屿，明确功能定位，建设各具特色的功能岛。屿头岛主要发展高端居住区、休闲度假区及海洋文物区，建设沉船博物馆和海底文物研究中心、沉船打捞技术研究中心。大练岛主要发展特色船舶（含游艇）修造产业。东庠岛主要发展海洋观光渔业。草屿岛规划建设台湾海峡海上补给基地。塘屿岛规划发展为高端度假区。 在加快平潭开发建设的同时，要统筹平潭与周边地区的发展布局，在更大范围内促进生产要素合理流动和优化配置，实现区域联动发展。
一、推进与相邻地区的联动发展。依托福清、长乐等相邻地区较好的经济基础和便利的交通条件，加强平潭与相邻地区交通等基础设施对接，统筹产业分工合作，拓展平潭产业发展空间，鼓励相邻地区发展关联产业，增强承接台湾产业转移的区域整体功能，实现平潭与相邻地区优势互补、共同发展。
二、统筹与海峡西岸经济区其他地区的协调发展。平潭综合实验区作为海峡西岸经济区先行先试的突破口，率先实施更加灵活特殊的政策措施，逐步向海峡西岸经济区其他地区推广成功经验，形成重点突破、以点带面、协调推进的对台交流合作新格局。海峡西岸经济区作为平潭综合实验区的直接腹地，要发挥整体功能，推动区域协调发展，为平潭综合实验区开发建设提供坚强的支撑条件。
三、加强与国内其他地区的合作发展。支持平潭综合实验区加强与国内其他地区尤其是台商投资相对集中地区的合作，鼓励这些地区的台资企业在平潭设立区域营销总部、物流分拨中心、产业研发基地，促进优势互补、分工合作、共同发展。积极创新两岸交流合作新机制、新模式等，为其他台商投资相对集中地区提供示范。
