2021新疆大学全国排名第91名，石河子大学全国排名第119名，从实力排名上新疆大学更好。
新疆大学，简称“新大”，位于新疆维吾尔自治区首府乌鲁木齐，是世界一流大学建设高校（B类）、综合性全国重点大学、教育部与新疆维吾尔自治区人民政府“部区合建”高校、国家“211工程”重点建设高校、国家西部大开发重点建设高校。
新疆大学现有各类在校生35899人，其中普通本科生21413人，硕士研究生8906人，博士研究生696人，留学生176人，成人本专科生4708人。
师资力量：
学校现有专任教师1920人，具有高级职称专任教师953人，具有博士学位教师801人。现有中国工程院院士1名，百千万人才工程3人，“万人计划”4人，国家有突出贡献中青年专家5人，享受政府特殊津贴专家39人，“全国高校黄大年式教师团队”1个。
以上内容参考：新疆大学官网——学校简介
新疆大学更好。
新疆有两所211大学，其中一所是新疆大学，另外一所是石河子大学。新疆大学排名第一，全国排107名。新疆大学在97年即入选211工程，有2个国家重点学科：中国少数民族语言文学和应用数学。2017年6月，新疆大学入选双一流大学，和众多985大学站在同一“起跑线”，成为三所入选“双一流大学”的211高校之一。
石河子大学位列第二，全国排160名。石河子大学位于戈壁明珠，新疆石河子市。石河子大学在2008年12月入选211工程，现有两个国家重点学科：作物栽培学与耕作学和农业经济管理。石河子大学优势学科是农学类学科，石河子大学还得到北京大学、华中科技大学、华中农业大学等重点大学的对口支援。
本回答被网友采纳石河子大学，位于新疆自治区石河子市。新疆生产建设兵团直属高校，是211工程大学、世界一流学科建设高校。创建于1949年。1996年由原石河子农学院、石河子医学院、兵团经济专科学校、兵团师范专科学校合并组建成立石河子大学。
新疆财经大学，位于新疆自治区乌鲁木齐市。新疆维吾尔自治区重点大学。学校的前身是1950年成立的新疆省人民政府干部学校，1959年升格为新疆财经学院。2000年，原新疆财经学院、新疆经济管理干部学院、新疆财政学校含新疆税务学校合并成立新的新疆财经学院。2007年升级为新疆财经大学。
石河子大学和新疆财经大学，虽然都位于新疆，但是两所学校隶属单位并不相同。石河子大学是建设兵团直属；而新疆财经大学是自治区政府直属，这种区别说明，他们是两个系统的高校。石河子大学是211工程、世界一流学科建设高校，这是经过多年发展，才达到211要求指标的高校，综合实力远在新疆财经大学之上。石河子大学早在1996年就升级为“大学”；而新疆财经大学2007年才升级为“大学”，前后差距11年。
根据教育部第四轮学科评估来看，石河子大学有2个B级学科，10个C级学科；而新疆财经大学有1个B级学科，2个C级学科。由此可见石河子大学的学科建设，还是比新疆财经大学好一点。
综合来看，石河子大学的实力要远高于新疆财经大学！