湖口县烟草专卖局设有多个关键职能科室，以确保高效运营和战略目标的实现。
首先，办公室负责全局的行政后勤管理，包括文秘档案、政策法规协调、会务与安全车辆管理，为局（分公司）提供全面的行政保障，并监督各项管理工作，确保目标达成。
综合科则专注于营销和战略实施，管理绩效、投资、价格、信息化和多元产业，进行计划统计分析，以支撑战略目标和年度经营计划的完成。
专卖监督管理科坚守烟草法规，负责卷烟市场管理，查处违法案件，强化内部监管，为生产经营提供有力保障。
财务审计科确保企业的财务合规，通过财务监督和审计，推动企业规范经营。
客户服务部专注于卷烟销售、配送和客户关系管理，助力实现销售目标和年度计划。
政工科负责人力资源、队伍建设、教育培训等，致力于塑造和谐的企业文化，维护稳定的工作环境。
而基层稽查中队（区域客户服务部）作为一线执行机构，依据国家法规和局（分公司）规定，确保专卖管理和经营目标的落实。